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总能量，动能，势能，比热容，瞬时温度，瞬时压强，相变特征 结构特征 时间相关函数与输运系数，Green-Kubo 关系 4. 简单的数据分析 Ewald 求和 邻居列表算法 (Neighbor lists methods) 势能列表 5. 高级技术 热力学积分法 (Thermodynamic integration method) 接受率法 (Acceptance ratio methods) 重叠分布方法 (Overlapping distribution method) 伞状采样 (Umbrella Sampling) 6. 自由能计算 简单的数据分析 能量数据 动能 Ek, 势能 Ep，总能量 E 比热容 瞬时温度 其中 d 是维数 瞬时压强 相关系数 时间相关函数 时间自相关函数 结构特征 Radial distribution function (RDF): 在距离 r 处找到粒子的几率。 理想气体 Structure factor: RDF 在 K 空间的傅里叶变换，实验可直接观测。 扩散系数 Mean square displacement (MSD): 时间 t 间隔内粒子运动的平均距离的平方。 Diffusion coefficient: 其中 d 是维数 Velocity autocorrelation func