植物病理 小片段基因在真菌分类中应用.pptVIP

* 高琳13班 2011339 一、真菌分子系统学的产生和发展 二、分子系统学研究的一般步骤 三、核酸序列分析在分子系统学的应用 四、序列分析的优缺点 五、真菌的分子生物学鉴定法展望 六、总结 目 录 　一、真菌分子系统学的产生和发展 1、真菌系统学和分类学的联系 真菌系统学(systematics)一般被认为是真菌分类学(taxonomy)的代名词。真菌分类学主要研究和描述真菌的变异并探讨这种变异的因果关系,结果 建立某个分类系统。 真菌分类学家的最高理想是建立自然的真菌分类系统,摒弃人为的因素。可以说,真菌分类学的历史是人为分类系统日趋接近于自然的过程。 传统的真菌分类 真菌分子系统学 生物化学、分子遗传学及电子计算机等科学的发展和技术渗透 2、真菌分子系统学产生的理论基础 3、真菌分子系统学 真菌分子系统学以系统学、进化论为指导,选取真菌的分子性状进行分类,逐渐把真菌分类引向深入。 狭义地讲,真菌分子系统学所使用的分子性状是核酸数据或基因序列。 其原理是:核酸序列的变化基本上是趋异的,这种变异的程度与流逝的时间之间存在着一个定量的关系,即两种生物从共同的祖先分歧的年代越久远,在它们的核酸分子中所积累的核苷酸差异就越大。 4 对获得的 相关数据 进行比对 3 获得序列 数据或其 它相关数据 2 确定所要 分析的目 的生物大 分子 1 确定所要 分析的生 物类群 二、分子系统学研究的一般步骤 分子系统学研究的主要方法是根据分子生物学数据构建生物类群的谱系发生树.它一般包括以下程序: 生物类群的谱系发生树 构建分子 系统树 检验系统树 的可靠性 5 6 三、核酸序列分析在系统发育中的应用 真菌是一类比较复杂的微生物,包括子囊菌、担子菌、接合菌、 卵菌、壶菌和根肿菌等。对于这些菌之间的关系及其在整个生物 圈的地位,生物学家提出了许多不同的假说和分类系统。一些基因片段常被用做真菌分类鉴定方面的分子标记，在真菌分子系统学发展中发挥着作用。 用于分子系统学的DNA片段主要有5.8S rDNA基因，18S rDNA（SSU rDNA）基因，28S rDNA（LSU rDNA）基因，ITS（intratranscription spacer）和IGS（intragenic spacer）序列，微管蛋白（β-tubulin）基因，线粒体细胞色素b（mitochondrial cytochrome b，cyt b）基因，翻译延伸因子（translationelongation factor,TEF）基因等。 1、真菌核糖体DNA 真菌系统学大多数研究所选用的序列都是核糖体基因簇(gene cluster)。真菌rDNA区段含有多个串联重复序列.每个重复序列包含18S、5.8S、28SrRNA及其间隔区域.其中两个内部编码区(Internal Transcribed Spacers)ITS1、ITS2将18S、5.8S和28S分割开;一个转录外间区(Exotranscribed Spacers ,ETS)位于18S上游.重复片段(拷贝)之间为非转录区(Nontranscribed Spacers,NTS),在ITS和ETS中含有rRNA基因转录启动子,而NTS中含增强子.NTS和ETS一起组成基因间区(Internally Gene Spacers; IGS). 18S核糖体 RNA基因 28S核糖体 RNA基因 基因间间 隔区IGS 内部转录 间隔区ITS 5.8S核糖体 RNA基因 18S rDNA进化速率慢，是目前研究真菌高等(属以上)分类群的系统演化中最常选用的区段,其对于真菌的系统演化及各大类群的遗传关系的研究都有重要意义。 何毅婷等筛选出的一株具有较高纤维素酶活性的真菌HY12 菌株，对其 18S rRNA 基因片段进行扩增、测序分析，并与在 GenBank 中相关的真菌序列进行比对，构建系统发育树，对其遗传分类地位进行了分析，菌株 HY12 与 Hypocrea lutea，Trichoderma spirate，Trichoderma viride 和 Trichodermaharzianum 的同源性均在 99.0%以上，且与其中的Trichoderma viride 同源性达到 100%，确定该菌属于绿色木霉（