曙光HPC模版-高性能计算-河北大学.PPT

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * PBS运行 准备PBS脚本:namd.pbs #!/bin/bash ? #PBS -N namd #PBS -q blade_s1 #默认队列 #PBS -l nodes=2:ppn=12 #PBS -l walltime=100:00:00 ? cd ${PBS_O_WORKDIR}; ? NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE --bind-to-core /public/software/namd/2.9/openmpi/intel/namd2 apoa1.namd 提交任务 qsub namd.pbs 查看作业 qsub namd.pbs BLAST使用介绍 BLAST介绍 生物信息学工具BLAST为一种“基本局域比对搜索工具”（Basic Local Alignment Search Tool），是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中通过双序列比对与查询进行相似性比较的分析工具。最初由NCBI（美国国立生物技术信息中心）的Altschul SF等人开发并开放源代码，后来产生了由不同组织修改和维护的多个版本，目前使用较多的有NCBI-BLAST和WU-BLAST等。与其他同类算法和软件（如Smith-Waterman、FASTA、BLAT等）相比，BLAST具有快速、稳定、可靠、支持序列相似性匹配等优点，已成为目前生物信息学领域最基础、使用最广泛的软件。 官网：/ NCBI推荐使用新版BLAST+ 程序特点： 单机运行 软件运行环境 编译器 使用系统自带的gcc编译器 设置环境变量 BLAST_DIR=/public/software/ncbi-blast-2.2.25 export PATH=$BLAST_DIR/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$BLAST_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH 说明： blast+安装路径： /public/software/ncbi-blast-2.2.25 数据库设置 在用户home下建立.ncbirc文件，内容为： [BLAST] BLASTDB=/public/blastdb 说明： /public/bastdb为格式化数据库所在位置 准备数据库 参考数据库 可在/blast/db/下载 格式化数据库 以month.nt为例，执行命令： makeblastdb -in month.nt -dbtype nucl -parse_seqids -hash_index -out sorted_month 说明： -in 原始数据库名，如fasta文件 -out 排序后的数据库名 -dbtype 数据库类型，nucl为核酸，prot为蛋白（默认） -logfile 日志文件，如果没有默认输出到屏幕 -parse_seqids,-hash-index 为blastdbcmd取子序列时使用 每个参考数据库只需要最初使用的时候格式化一次即可，以后使用可跳过这一步。 可以把参考数据库放在共享存储的一个公共文件夹下，所有用户都可以访问和使用 这里把格式化好的参考数据库放在/public/blastdb文件夹下 准备输入文件 比对序列文件 示例文件名： e.chrysanthemi.fa 内容： ECH3937_v3_14491; GTGATTGTGGGGCTTTCTCAAATTAATTGTGGGGCTTTTCCCGGTTGCAGGTTCAAAACGTGCCATTCGCAACCGGTGTT TTCGGCGCTCACCGCCCCGAAAACCAATAACTGA ECH3937_v3_14492; GTGCCGGATTTATCGCCATGCGCCTTCAGCGGAGAATTTTTTGCATGGCACAGrCGTTCAGAAAATAGACTAATTCAGGA GTGTTATACTGATGATAAGAAAATGTTGATAGCACTAACAGGCAAAACCATAGGTATAAATTATCAATTTTTGCTATATC AATAG ………… 手动运行 序列比对 blastn -query e.chrysanthemi.