class10_气体在聚合体中扩散的测量-materials studio.ppt

气体在聚合体中扩散的测量;１． 建立初始结构 第一步是构建并优化氧分子和 聚合物来构建无定形原胞。 从菜单栏中选择 来显示 对话框。; 在 对话框中选取。选上 ，点击。关闭 对话框。 一个名为 的新的 自动文档会打开。;现在可以勾画出氧分子。 激活。点击 按钮，从下拉菜单中选择。 在 上左键单击，然后松开左键，移动鼠标以形成一根键。鼠标移到一定距离，键不能再伸长。 双击左键，完成构建。 把鼠标移到键上面，它会变成浅蓝色， 这时左键点击一下变为双键，分子完成构建。 注意，在这些操作中，鼠标状态为 。不能点 。 完成分子的构建后，点 ，避免产生新的原子。;你需要对氧分子命名一下，不然， 就会用默认的名字。 在 中，把 改成。双击，输入，点击。注意核对 中是否显示。; 一个经验力场计算（能量最小化或分子动力学）中花费最大的部分是非键参数的确定（库仑相互作用和范德华力）。涉及力场的计算会用各种方法来计算非键参数，随所研究系统的尺度和类型而变化。不过对范德华力默认的方法是原子级模拟，对库仑相互作用则是加和模拟。 对某些聚合物，可以用一组原子而不是单个原子来逼近非键参数。这种方法叫作 。本教程中你会从头到尾用到这个方法。这种方法可以在不损害精度的情况下加速计算。 现在聚合体将自动用 来计算，如果要显示的话，点击 对话框。 激活 文档。右键点击 原子文档，选取 。在 对话框中，把 选项改成 。; 在 对话框中指明氧分子是用 的。 激活。从菜单栏中选取 来显示 对话框，选择 条目，点击。 ; 在优化两个分子的几何结构之前，必须要让 知道用 来进行非键计算，而不是用默认选项。在 中选 。;现在可以开始优化两个几何结构了。 点击工具条上的 按钮 ，然后从下拉列表中选择。激活。 点击 对话框中的 按钮。;激活，点击 按钮。计算结束后最小化的结果被返回到 中。 关闭 对话框。;现在有了两个优化的几何结构。;２． 建一个无定形的晶胞 当你建好两个结构后，就可以用Amorphous Cell 模块来把它们往一个晶胞中成倍地复制。 在工具栏上选择Amorphous Cell 按钮 ，然后从下拉列表中选择Construction。 将会显示Amorphous Cell 对话框。;第一步是指明组成晶胞的分子。 激活，点击 按钮。对 重复同样操作。;在 部分， 点击 ， 把它改为 。对 作同样操作，不过把数值改为。 把 从 改为，把 从 改为。 不选上 复选框。; 在 对话框中选择 条目。在 部分，不选上 并在文本区域输入，点击。 当 构建了一个结构后，默认是把这个结构与组成分子列表中的第一个分子取相同的名字。本例中，你要把它改成。; 在 中出现了一个新的名为 的文件夹。当计算结束时，会产生一个包含不规则晶胞的轨迹文档。 关闭 对话框。双击。这个文档中包含了一个有八聚 和 个氧分子的周期性晶胞。;３． 晶胞的弛豫。 当一个无规则晶胞生成时，分子可能不是等价地分布在晶胞中，这样就造成了真空区。为了矫正这个，要进行能量最小化来优化晶胞。最小化过后，要进行分子动力学模拟来平衡晶胞。 当你构建无规则晶胞时，都要用能量最小化和分子动力学来进行结构弛豫。 在能量最小化之前，清空工作区。 选择 ，接着再从菜单栏中选取 。双击 中的。 当一个包含周期性结构的 原子文档被打开时，那些非键的设定会重新变成默认值。文档 中也有周期性结构，因此在打开之后要把非键的设定从默认值改回来。 从菜单栏中选择 来显示 对话框，从中选取条目。把 改成 。把 改成 。 ;关闭 对话框。 现在你已经准备好对整个晶胞进行能量最小化了。由于本教程中时间有限，只能进行步的优化计算。在实际计算中，因该把整个优化运行完全。 点击工具条上的 按钮 ，然后从下拉列表中选择。在 对话框中，把 从改为。点击。关闭 对话框。; 任务结束后，最终的结构保存在文件夹 中。现在要用分子动力学模 拟继续进行弛豫。 从菜单栏中选取 。将会显示 对话框。; 有各种不同的分子动力学模拟，以系综分类，分别为, , , 和。字