基因表达数据分析实验指导.docVIP

基因表达数据分析实验指导 1.?实验基本情况 2.?实验方法： 2.1?表达谱数据的下载 2.2?将表达谱数据导入matlab软件 2.3?补缺失值 2.4?数据标准化 2.5?差异表达基因筛选 2.6?选择差异表达的基因 2.7对差异表达基因送入功能注释 附?-- Matlab的Microarray Data Analysis ? 1.?实验基本情况 实验目的： 掌握和了解常用的基因表达分析过程，包括数据下载、数据预处理、差异表达分析和基因功能注释。了解GEO、SMD、Matlab软件和WebGestalt数据库的使用。 实验方法： 详见下面的描述。 实验作业： 每位同学从GEO或SMD数据库上下载一套表达谱数据，进行数据预处理，差异表达基因分析或聚类分析等数据分析过程（依据具体问题操作，arraytool或matlab或其他软件均可），基因功能注释（WebGestalt、GO、KEGG等数据库）。 实验实例分析 ===================================================================== 2.?实验方法： 2.1?表达谱数据的下载 2.1.1?从GEO数据库上下载表达谱数据 1)?网址及数据库概述 GEO主页： /geo/ GEO数据库中包含四种类型的条目，分别以GPLXX