环境科新学高级建模方法(第6-3节)-gaussian-查找数据.pptVIP

* * * 　毒性及生态影响研究 (1) 对生物活动的影响和危害； (2) 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 (1) 对生物活动的影响和危害； (2) 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 (1) 对生物活动的影响和危害； (2) 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 (1) 对生物活动的影响和危害； (2) 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 (1) 对生物活动的影响和危害； (2) 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 (1) 对生物活动的影响和危害； (2) 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 (1) 对生物活动的影响和危害； (2) 对生态系统的影响. * 　毒性及生态影响研究 (1) 对生物活动的影响和危害； (2) 对生态系统的影响. 第6节 Gaussian计算法讲义 内 容 提 要 绘制构型 高斯计算 数据查找 Cp计算 建模 数据查找 以1，2-PCPT为例，用GaussView程序打开高斯输出文件12.out,查看有无异常，如图5。防止优化过程中，因初始构型不正确，变化成为其它结构。 一.查错 数据查找 A. 用记事本打开12.out,查找，关键词exact,看图6所示数据是否大于零，否则需重新优化计算。 因为优化稳定构型时，不应该出现负频。 二.查找数据 数据查找 B. 查找关键词freq三次后,查找关键词scf,得到E值，如图7，复制数据填入表格相应位置，见图8。 二.查找数据 数据查找 往下拖动页面，应次得到： Ehomo: 位于Alpha occ行最后一个数据，见图9。 Elumo：位于Alpha virt行第一个数据，见图10. 在Mulliken atomic charges下面，找取最负电荷，即q-,和氢电荷中最正的，即qH+,见图11 u:Dipole moment行，选tot值，如图12 α:Exact polarizability行选第1、第3和第6个数据，取平均值,如图13 二.查找数据 数据查找 C. 查找关键词zero, 如图14所示，即为ZPE值。 如图15， Sum of electronic and thermal Enthalpies后为H值，Sum of electronic and thermal Free Energies后为G值。 如图16所示，tot行对应着Eth、Cv、S值。 二.查找数据 数据查找 D. 查找关键词Mol, 区分大小写，如图17所示，取cm**3/mol为单位的数值，类似查找10，取平均值，即为V. 二.查找数据 Cp计算 将高斯计算得到的输出文件(如12.out) opt freq至freq之间的内容删除后保存即可。 一.输入文件制作 Cp计算 把C P计算程序Thermo3.exe放在与刚才保存的文件同一目录下，而后打开所有程序—附件—命令提示符，输入DOS指令CD 来更改目录至C P计算程序Thermo3.exe所在目录下 ，输入：thermo3 12.out, 确认后出现“scale factor for frequency=?”,输入0.95，确认后得到C P计算输出文件THERMO.OUT ，更改文件名为12THERMO.OUT即可。 二. C P计算 建模 用SPSS 12.0 for windows打开前面数据查找所得的Excel表格，得到如图18所示界面。在工具栏中选择Analyze—Regression—linear,如图19，选择相应的自变量和因变量，采用Stepwise方法即可得到相关方程，如图20和图21。 2D-QSAR方法 活性数据 分子结构、热力学参数 实验方法 Gaussian 03W,DFT方法 建立模型 预测相关活性 SPSS 12.0 for Windows 交叉验证,F检验,VIF 评价 2D-QSAR基本原理 课程作业内容及要求： 1、查找文献，选择一个系列的化合物及相关性质。化合物的个数尽量在15-20个以上，但不能少于10个。 2、根据化合物分子的大小确定计算的基组和方法。通常，计算方法采用B3LYP。 3、首先用Chemdraw 程序绘制化合物分子的平面构型，保存上述文件格式为*.cdx。采用Chem3D 程序打开*.cdx文件，得到化合物分子的立体构型，保存上述文件格