生物信息学常用工具介绍.pptVIP

* 计算机文件系统被组织为层次结构，它有一个根目录。在根目录下包括很多子目录的分支，而子目录下面可能又包含着其他的子目录。Unix树状结构有一个根目录,用/表示 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 从前面一些章节中我们已经了解到有很多软件可应用于生物信息学,尽管可能已有人编制出了我们需要的软件但我们还是时常会碰到最好是自己解决问题的时候。在生物信息学中，这常常意味着自己编写从海量数据中提取出恰恰是需要的信息的程序 * * * 正则表达式 ——sed与awk的基础 正则表达式是一些特殊或不很特殊的字符串模式的集合。 字符集包括：普通字符集和元字符集（通配符） 普通字符集：大小写字母、数字、空格、下划线 ^ 行首 $ 行尾 * 一个单字符后紧跟*，匹配0个或多个此单字符 [ ] 匹配[ ]内字符，可以是一个单字符，也可以是字符序列。 可以使用”-“来表示[ ]内范围，如[1-5]等价于[1,2,3,4,5]。 \ 屏蔽一个元字符的特殊含义，如\$表示字符$，而不表示匹配行尾。 . 匹配任意单字符 几个常见的例子： 显示可执行的文件：ls –l | grep …x...x..x 不包括文件夹：ls -l|grep \-..x..x..x 只显示文件夹：ls –l | g