人类长非编码RNA芯片设计和数据分析.pdf

人类长非编码人类长非编码RNARNA芯片设计和芯片设计和 数据分析数据分析 陈小伟陈小伟 非编码核酸实验室 中国科学院生物物理研究所中国科学院生物物理研究所 2013.11.20 目目 录录 • 芯片设计 –– LncRNALncRNA的系统发现的系统发现 – LncRNA常用数据集 – LncRNALncRNA序列的收集整理序列的收集整理 – LncRNA的分类 – LncRNA探针设计探针设计 • 数据分析 – 数据分析流程 – 芯片内标准化芯片内标准化 – 芯片间标准化 –– 差异表达基因分析差异表达基因分析 – 多重假设检验假阳性率校正 芯片设计 LncRNALncRNA的系统发现的系统发现 高通量技术 • Microarray  – TilingTiling ArrayArray • High‐throughput Sequencing – ChIP‐Seq – RNA‐Seq Rinn and Chang, 2012 芯片设计 LncRNALncRNA常用数据集常用数据集 LLncRNARNA数据集数据集 llncRNARNA数量数量 NONCODE 33,829 GENCODE 23,105 HumanHuman lincRNAlincRNA CatalogCatalog 14,35314,353 lncRNAdb 118 RRefSfSeq 44,814814 UCSC Genes 5,596 H‐InvDB 1,038 lncRNAslncRNAs fromfrom HOXHOX lociloci 962962 lncRNAs from ultraconserved regions 407 芯片设计 LncRNALncRNA芯片数据来源芯片数据来源 Sources CBC lncRNA V1 CBC lncRNA V2 CBC lncRNA V3 GENCODE/ENSEMBL ‐ 12754 22444 Human LincRNA Catalog ‐ 8195 14353 RefSeq 4765