测序与芯片的高通量数据挖掘与分析学习班理论实践课上海·徐汇.doc

测序与芯片的高通量数据挖掘与分析学习班（理论+实践课） (上海·徐汇区 2018.8.4-5 ) (广州·天河区 2018.8.18-19) 生物信息学（bioinformatics）定义：是在大分子方面的概念型的生物学，并且使用了信息学的技术，这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法，并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。 生物信息学魅力： 帮助预测疾病相关的潜在基因，以及该基因潜在的作用靶点、上游调控转录因子等，从而指导实验方向、缩小试验范围、简化试验流程。 为基金申请提供支持，通过强大的信息数据的收集整理，减少投入增强研究目的性；且通过整合技术优势，指导提高临床诊断水平。 丰富的免费的数据资源和生物软件工具： 数据库：NCBI, EBI, DDBJ, PDB, SWISS-PROT等；软件工具：Cytoscape，BLAST, R语言，String, David等。 案例： 该文献的分析流程如下图所示： 我们可以看到该文献主要的分析步骤有：差异表达分析、聚类热图构建、GO和KEGG 通路分析、蛋白互作网络分析、生存曲线分析等。我们的主题基本上按照类似的文献思路进行讲解，和大家一起分享一下一篇SCI文章的生信分析步骤。 通过2~3天的学习，我们可以掌握一篇生信SCI文献的所有分析模块，并可以独立的结合自己的研究方向进行生信分析和数据挖掘，获得一套属于自己的分析结果。 一、培训目的： 很多学员都做过测序或者芯片实验，虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析，比如过滤、质控、比对、定量和差异等，但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析，并不能完整的讲一个故事！因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力，从海量信息中获得自己想要的关键基因！ 培训预期： 通过2天的培训（半天理论课程+1天半实践操作），使学员掌握生信文献分析思路和8个实用操作知识点（具体见最后），可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。 三、上海班时间与地点： （上海班学员经培训合格后，将获颁发专业技术人员继续教育培训证书） 培训时间： 2018年8月4-5日 3日下午可报到 上课时间：上午9：00-12：00，下午1：30-5：00（具体见课程安排） 培训地点：好望角饭店 上海市徐汇区肇嘉浜路500号5楼会议室 推荐住宿：好望角饭店经济大床房：399元/间，标间 460元/间?。 广州班时间与地点： 培训时间：2018年8月18-19日，17日可报到（下午3点-晚上9点） 上课时间：上午9：00-12：00，下午1：30-5：00 培训地点：南洋长胜酒店 广州市天河区兴华路38号 推荐住宿：南洋长胜酒店，430元/间，大床房与标间价格一致。 五、主办方： 中国科学院上海分院国家级专业技术人员继续教育基地 上海嘉定先进技术创新与育成中心 承办：遐永医药 研数科技 讲师简介： 宋伟博士 成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。 研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。 培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。 培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等 课程安排： 理论课程： 第一天 上午 8.30-10：00第一节：基因数据库使用介绍 测序标准报告的解读。 NCBI Gene数据库：最权威的基因综合数据库之一。 NCBI GEO数据库： 数据量最大的高通量公共数据库。 GEO2R工具：在线做差异分析的R工具 bioDBnet：在线基因ID转换工具。 Uniprot： 最权威的蛋白综合数据库之一。 10.15-12：00第二节： DAVID工具——功能富集分析 功能富集的原理和意义 基因ID转换 基因功能注释（GO ，KEGG pathway） 基因功能富集（GO ，KEGG pathway） 基因功能聚类（GO ，KEGG pathway） 2、实践操作课程（共1天半） 第一天 下午 13：30-17:30第三节 聚类热图及pathway map图 KEGG 数据库：最权威的通路数据库（pathway map 分析） HEMI软件：构建聚类热图的本地软件 第二天 上午 8:30-10:00第四节. STRING工具——基因/蛋白相互作