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第二章 蛋白质结构分析 第一节 蛋白质样品的准备 进行结构分析的蛋白质样品，一般要求纯度95％。这样的样品，通 常是用色谱和电泳精制过的。 一、SDS—PAGE纯化的样品 从SDS上分离的蛋白质必需经过特殊处理，使SDS浓度低于 0.0005％，否则SDS会影响到胰蛋白酶的酶解，也会大大降低HPLC分肽 时的分辨率。有报道指出，在2mol／L尿素存在下，用胰蛋白酶消化蛋白 质时，如果SDS浓度0.05％，则完全阻止了胰蛋白酶和内肽酶Lys-C的 作用。 虽然有报道用HPLC或用盐酸胍沉淀除去SDS，但不易掌握，尤其是共 价结合到蛋白质分子上的SDS分子更难除去。 在SDS后，采用电印迹(blotting)到PVDF膜上，也是常用的方 法，因为PVDF膜结合蛋白质能力的专一性远远超过其结合盐、氨基酸和 去垢剂，因此，蛋白质能和这些“污染物”分开。经过这样处理后，能用于 BrCN化学裂解或酶解。 二、HPLC纯化的样品 如果样品是用反相HPLC纯化的，因为流动相是挥发性溶剂，它们在 真空离心干燥或冻干样品时除去；如果蛋白质是用离子交换HPLC或疏水 HPLC或凝胶过滤HPLC精制的，则样品要进行脱盐。 脱盐或稀蛋白溶液的浓缩可用0.1％三氟乙酸(TFA)—乙腈(ACN)系统 的短柱反相HPLC；也可采用一次性的Sek-Pak，因为蛋