异构集群上的宏基因组基因聚类优化.pptx

异构集群上的宏基因组基因聚类优化;提纲;背景介绍;提纲;算法描述; 相关性系数计算; 相关性系数计算; 相关性系数计算; 实验环境： CPU：Intel(R) Xeon(R) E5-2670 @2.60GHz（2*8 cores） Memory：Samsung 8×8GB DDR3 1600MHz Compiler：gcc-4.9.1 OS： Red Hat 6.3 Profiler： Intel Vtune Amplifir XE 2015  ;提纲;优化思路;实验环境; CPU OpenMP多线程加速;kernel函数 compute_patterndimGrid,dimBlock(args) ; 单节点上的缓存优化; MPI的多节点扩展;因此改用样本丰度值之和，而不是样本数量，作为运算量的度量。;提纲;CPU多节点可扩展性; CPU 作业的负载均衡的到改善;GPU作业的负载均衡没有改善; 不同优化方法获得的加速比;提纲;结论;谢谢！; 4. 减少GPU上global-memory通信量（tile优化）; 附录：tile 优化代码; 附录：基于CUDA与MPI的多节点扩展; 附录： 多CPU节点扩展代码