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生物信息学在新基因克隆中的应用 2OOO年第4期(总第48期)大理师专NO.42000(Th~CeneralserialNO.48) 2OOO年12月JOUILNALOFDALITEACHER’SCOLLEGEDec.2000 鐾僭回网 程滨苏鸿雁 (1.淮南师专,安徽淮南,232001,2.大理师范高等专科学校生化系,云南大理,671000) 【摘要】计算机技术的日益发展,使生物学的研究越来越离不开计算机及网络技术.本文从数据库,数 据库查询,网络搜索工具等方面分析了计算机及网络技术在基因克隆中的应用. 【关键词】生物信息学基因克隆计算机网络 【中图分类号】Q一332【文献标识码】B【文章编号】1008------9748(2000)04—0081—06 ,I1leRoleofBiologicalInformationStudyinOoningofNewGene Abstract:Thedevelopment0fcomputertechnologyis既dcingstudiesinbiologyincreasinglyinseparablefromcomputersandcybertechnolo- gY.nlispaperanalysestheapplicationofcomputersandcybertechnologyincloninggenefromtheperspective0fdatabank.data? hankinquiry,andinternetbrowser. keywords:biologicalinformationstudy;ge~necloning;computerandinternet 随着计算机科学,物理学,数学等与生命科学的相互渗透和交叉,生物信息学愈来愈显示出其重要性. 这其中计算机科学尤其是网络技术的广泛应用,使得世界各国的生物学研究者所获得的数据,成果能够共 享.数据库的建立,软件的开发及各种服务工具的发展让研究者了解和使用共享信息.这些资源每日都 在更新,我们需要对它们有一定的了解,这了解对自身研究工作的进展可能有意想不到的帮助.在这里分 以下几个方面介绍生物信息学的一些概况,同时对生物学信息学在新基因克隆中的应用作初步的探讨. 一 . 数据库 目前为止,数据库已经发展得比较成熟.大的分类明确,有核酸,蛋白各类数据库,还有物种特异性数 据库,组织特异性数据库,基因/蛋白质数据库等.这些数据库有专门的实验室维护,相关的实验数据可以 注册到相应的数据库中.这一点是非常重要的.如果不更新数据,扩充信息量,那么数据库的功能等于 零. 主要的数据库: 1.三大数据库:GenBank(US)[8],EMBL(Europe)[9],DDBJ(Japan)[10]. 2.蛋白数据库:PDB[11],swISs—PROT[12]. 3.基因组数据库:GDB(human),MGB(nlouse),SGB(yeast). 4.特殊数据库:dbEST(expressedsequencetags)[13],dhSIS(sequencetaggedsites)[14],abSNP(Si~e NucleotidePolymorphism)[15],OMIM(OnCeMendelianInheritanceinMan)[16],AceDb(Caenorhabditiselegans db)[17).. GenBank,EMBL,DDBJ是生物学三大数据库(图1).这里主要介绍一下这三个数据库的情况.它们三 者组成国际联合序列数据库(internationalcollaborationofscxt’uen~da￡abase).三个数据库之间每天交换数据,. 以保证三个站点都能最大限度的涵盖序列信息.用户可以免费从Intemet上获得序列信息,通过下载或直 接浏览. 大理师专 Internati0naINucleotideDat强Banks EMBL EU.DDpeu~.1’tM0kcu竹 BiC,i(]gVLab0raln EBI. EtLropean Biolnfol-fflatlf:3 Irn九J NLI,~:lan0na】Llb』of ed]cme N0BI.NaoonCeli塘Jfor Biotechnoic,gYInfol”ffJa+don NIG:l-IamIn村Instltuteof Ge~?ic3 C【B:eenterf(l~dormaW_,n Biology DDBJ: Di-】ADa协B8a-d~ofJap;~yt GenBank[1]是一个公共数据库,含有核酸,蛋白序列,由NCBI(TheNationalCenterforBiotechnologyInfor. marion)维护.它的序列来源有