地中海富盐菌中非编码RNA的鉴定与分析_王磊.pdf

网络出版时间：2016-07-28 14:59:35 网络出版地址：/kcms/detail/11.1995.Q1459.001.html 地中海富盐菌中非编码RNA 的鉴定与分析 1# 1,2# 1,2 1,2 1* 王磊 ，程飞跃 ，赵大贺 ，杨海波 ，向华 1 中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室，北京 100101 2 中国科学院大学，北京 100049 摘要：【目的】通过转录组高通量测序技术（即RNA-seq ），结合生物信息学分析和分子生物 学方法，在组学水平鉴定极端嗜盐菌中可能的非编码RNA （ncRNA ）。【方法】将培养至对 数中期的地中海富盐菌在不同盐浓度下处理30 分钟，提取RNA ，进行链特异的转录组测序 和 5′端区分的转录组测序，通过生物信息学分析在全基因组范围内鉴定 ncRNA ，预测其转 录边界；然后通过Northern blot 和环化RNA 反转录聚合酶链式反应（CR-RT-PCR ）对部分 预测的ncRNA 进行实验验证。【结果】比较两种RNA-seq 技术在不同培养条件下的RNA 测 序结果和对转录单元的精细分析，共鉴定到 105 个高可信度的ncRNA ，并发现4 个在不同 盐度下表达差异较大的ncRNA ，通过Northern blot 和 CR-RT-PCR 验证了 incRNA1436 和 incRNA1903 的表达情况、转录本、转录起始位点及终止位点等。【结论】首次在组学水平 鉴定了地中海富盐菌中的ncRNA ，不同盐浓度刺激下部分ncRNA 的转录差异暗示其有可能 参与地中海富盐菌对盐胁迫的适应，高可信度ncRNA 的组学发现为今后全面开展嗜盐古菌 ncRNA 的功能机制提供了基础数据及重要的切入点。 关键词：地中海富盐菌，非编码RNA ，盐度刺激，转录组测序 _________________________________ 基金项目：国家自然科学基金青年项目） *通信作者。Tel/Fax: +86-10；E-mail: xiangh@ #并列第一作者 收稿日期：2016-06-15 ；修回日期：2016-07-15 ；网络出版日期： 非编码RNA （non-coding RNA，ncRNA ）是指生物体内各种不参与蛋白质编码的RNA 。 ncRNA 在细菌、古菌和真核生物中均广泛存在，发挥着重要的生理功能[1-2] 。目前在不同生 物中进行ncRNA 的系统发现仍然是极其重要的基础性工作。随着测序技术和生物信息学分 析方法的进步，鉴定ncRNA 的技术也在不断发展。以第二代高通量测序为基础的RNA-seq 技术[3]大大促进了转录组复杂性研究，并为ncRNA 的鉴定提供了新方法。其中链特异性RNA [4] 测序（strand-specific RNA sequencing, ssRNA-seq ）技术 可将mRNA 链的方向信息保存到 测序文库中，测序后的数据分析可确定转录本是来自正义还是反义DNA 链。与普通转录组 测序相比，它更能准确地统计转录本的数量和确定基因的结构，同时可以发现更多的反义转 录本，成为当前发现基因组范围内 ncRNA 的重要方法。dRNA-seq (differential RNA sequencing)[5-6]技术是一种能够区分初始转录本和加工过的转录本的新的RNA-seq 技术。通 过5′单磷酸依赖的外切酶（Terminator 5′-phosphate-dependent exonuclease，TEX