代谢网络端通路计算方法的研究-计算机软件与理论专业毕业论文.pdf.docxVIP

指 指 导 小 组 成 员 名 单 王 飞 副 教 授 目 目 录 fSi S 1 A b st ra c t 2 引 言 4 第 一 章 绪 论 5 1. 1 代 谢 网络 及 C OB RA 建 模 框 架 简 介 5 1.2 端 通 路 定 义 、 应 用 的 介 绍 7 1. 3 本 文 的主 要 内容 介 绍 9 第 二 章 背 景 介 绍 1 1 2 . 1 E xp a 方 法 1 1 2 . 1. 1 Exp a 方 法 介 绍 1 1 2 . 1.2 Exp a 方 法 适 用 范 围 分 析 12 2 . 1.3 Ex p a 方 法 优 点 和 不 足 1 3 2 .2 分 块 计 算 方 法 1 3 2 .2 . 1 分 块 计 算 方 法 介 绍 1 3 2 .2 .2 分 块 计 算 方 法 适 用 范 围 分 析 17 2 . 2 . 3 分 块 计 算 方 法 优 点 和 不 足 17 2 .3 采 样 计 算 方 法 17 2 .3 . 1 采 样 计 算 方 法 介 绍 18 2 . 3 .2 采 样 计 算 方 法 适 用 范 围 分 析 19 2 . 3 .3 采 样 计 算 方 法 优 点 和 不 足 19 第 三 章 使 用 混 合 整 数 线 性 规 划 方 法 计 算 端 通 路 2 0 3 . 1 使 用 混 合 整 数 线 性 规 划 方 法 计 算 端 通 路 的 设 计 思 路 20 3 .2 算 法 流 程 2 3 3 .3 实 验 结 果 28 第 四章 使 用 单 纯 形 法 计 算 端 通 路 34 4 . 1 使 用 单 纯 形 法 计 算 端 通 路 的 设 计思 路 3 6 4 .2 算 法 流 程 39 4 .3 实 验 结 果 4 7 第 五 章 论 文 主 要 成 果 及 展 望 5 0 5 . 1 论 文 主 要 成 果 50 5 .2 问题 与 展 望 5 0 # # ^ it 5 2 硕 士 期 间 发 表 论 文 59 硕 士 期 间 科 研 项 目 6 0 硕 士 期 间 获 奖 情 况 6 1 m ? 6 2 摘 要细 摘 要 细 胞 代 谢 是 一 切 生 命 活 动 的基 础 ，代 谢 网络 中 的 生 物 化 学 反应 之 问 的 相 互 作 用 维 持 了 细 胞 的 新 陈 代 谢 。生 物 代 谢 网络 是 一 个 动 态 的 、有 序 的 网络 ，代 谢 网络 的 失 衡 则 会 导致 众 多疾 病 的发 生 。 目前 ，随着 高通 量 实验 技术 、新 一 代 测 序 技 术 的进 步 ， 基 于 C O B RA 框 架 的全 基 因 组 代 谢 网络 的数 学 模 型 正 在 不 断 的被 完 善 ， 对 这 些 数 学 模 型 的 分 析 对 复 杂 的代 谢 网络 的研 究 有 很 大 推 动 作 用 。在 数 学 上 ，端 通 路 是 指 代 谢 网络 模 型 所 描 述 的 解 空 间 的棱 ，这 些 端 通 路 可 以 非 负 线 性 表 示 解 空 间 中所 有 的 点 。在 生 物 意 义 上 ，端 通 路 是 代 谢 网络 中独 立 的最 小 代 谢 通 路 ，使 用 这 些 最 小 代 谢 通 路 可 以表 示 整 个 代 谢 网络 中 的代 谢 通 路 。端 通 路 可 应 用 于 代 谢 工 程 、药 物 靶 点 寻 找 等 研 究 中 ，对 端 通 路 的研 究 可 以使 代 谢 网络 研 究 更 加 有 针 对 性 、 更 高 效 ，端 通 路 的计 算 则 是 端 通 路 研 究 的基 础 。因此 ，对 端 通 路 计 算 方 法 的研 究 具 有 很 大 的 意 义 。 本 文 提 出两 种 计 算 端 通 路 的新 方 法 ，一 种 方 法 是 基 于 混合 整 数 线 性 规 划 的计 算 方 法 ，这 种 方 法 是 使 用 “拐 角 点 ”采 样 结 果 作 为 混 合 整 数 线 性 规 划 方 法 的 初 始 点 ，将 端 通 路 路 径 长 度 作 为 目标 函 数 进 行 优 化 计 算 的 方 法 。另 一 种 方 法 是 基 于 单 纯 形 法 的 计 算 方 法 ，这 种 方 法 是 基 于 单 纯 形 中顶 点 旋 转 的理 论 来 计 算 端 通 路 的 。 这 两 种 方 法 克 服 了现 有 计 算 方 法 在 大 规 模 代 谢 网络 端 通 路 计 算 中 的 不 足 。通 过 对 这 两 种 新 方 法 与 现 有 方 法 的 比较 分 析 ，显 示 出本 文 方 法 的广 泛 适 用 性 与 灵 活 性 。 本 文 所 提 出