第七章分子系统发育分析-进化树教学文稿.ppt

常用分子系统发育分析软件 进化分析软件 PHYLIP：由华盛顿大学遗传学系开发，是一个免费的系统发育分析软件包，可以通过以下地址下载，目前已更新至3.69版。 /phylip.html Phylip包含了35个独立的程序，这些独立的程序都实现特定的功能，这些程序基本上包括了系统发生分析的所有方面。 分子系统发育分析实例（实验三） 第五章: 基于特征的系统发生分析 分子系统发生分析主要分成三个步骤： （1）分子序列或特征数据的分析； （2）系统发生树的构造； （3）结果的检验。 其中，第一步的作用是通过分析，产生距离或特征数据，为建立系统发生树提供依据。 构成系统发生树的分子数据： 特征数据 基于特征的系统发生分析 距离数据 基于距离的系统发生分析 关于进化关系的结论的一致性可以看作是对一棵系统发生树的正确性的积极认可。 5.1 简约法 在生物学中，描述按照进化途径中突变事件最少的标准来优先选择一个进化途径的过程。 两个简单假设： （1）突变是罕见事件； （2）一个模型引发了越不合理的事件，这个模型就越不可能是正确的。 因此，突变最少的进化关系就越有可能是物种之间真实的进化关系。 4个物种三种可能的无根树 1 2 3 4 1 3 2 4 1 4 2 3 5.1.1 信息位点和非信息位点 根据信息内容可以分为： 信息位点 (informative): 含有信息的位点 信息位点就是指能由位点产生的突变数目把一棵树与其 它树区分开来的位点; 非信息位点 (uninformative): 不含有信息的位点 不变位点 (invariant): 属于非信息位点，比较的所有序列都有同样的核苷酸。即每一棵描述所有序列间进化关系的树都有相同的突变数目(0)。 ((1,2)(3,4)) ((1,3)(2,4)) ((1,4)(2,3)) 序列 位点1 位点2 位点3 位点4 位点5 位点6 1 G G G G G G 2 G G G A G T 3 G G A T A G 4 G A T C A T 图5.1 4条同源序列的比对（每条序列有6个核苷酸） 6个位点构造4个物种之间进化关系的可能无根树 不变位点 序列 位点1 位点2 位点3 位点4 位点5 位点6 1 G G G G G G 2 G G G A G T 3 G G A T A G 4 G A T C A T ((1,2)(3,4)) ((1,3)(2,4)) ((1,4)(2,3)) 不变位点 非信息位点 序列 位点1 位点2 位点3 位点4 位点5 位点6 1 G G G G G G 2 G G G A G T 3 G G A T A G 4 G A T C A T 不变位点 非信息位点 非信息位点 ((1,2)(3,4)) ((1,3)(2,4)) ((1,4)(2,3)) 序列 位点1 位点2 位点3 位点4 位点5 位点6 1 G G G G G G 2 G G G A G T 3 G G A T A G 4 G A T C A T 不变位点 非信息位点 非信息位点 非信息位点 ((1,2)(3,4)) ((1,3)(2,4)) ((1,4)(2,3)) 序列 位点1 位点2 位点3 位点4 位点5 位点6 1 G G G G G G 2 G G G A G T 3 G G A T A G 4 G A T C A T 不变位点 非信息位点 非信息位点 非信息位点 信息位点 ((1,2)(3,4)) ((1,3)(2,4)) ((1,4)(2,3)) 序列 位点1 位点2 位点3 位点4 位点5 位点6 1 G G G G G G 2 G G G A G T 3 G G A T A G 4 G A T C A T 不变位点 非信息位点 非信息位点 非信息位点 信息位点 信息位点 ((1,2)(3,4)) ((1,4)(2,3)) ((1,3)(2,4)) T 信息位点的共同特征： 如果一个位点是信息位点，那么它(1)至少有两种不同的核苷酸，并且(2)这些核苷酸至少出现两次。 5.1.2 无权简约法 最简约树：考虑每个信息位点所有可能的树，分别给每棵树进行打分，统计每个位点的核苷酸最小替换数目。所有简约信息位点最小核苷酸替换数的总和最小的树记为最简约树。 4条序列比对的例子可能是最简单的例子： 在只包含4条序列的分析中，每个信息位点只能支持 3 棵可能的树中的1棵，含有最多信息位点的树就是最简约树。 5条或更多序列数据集的计算复杂得多。原因在于：