9-植物DNA分子标记.pptVIP

In situ hybridization For in situ hybridization, a tissue sample is incubated with a labeled nucleic acid probe, excess probe is washed away and the location of hybridized probe is examined. The technique enables the spatial localization of gene expression to be determined as well as the location of individual genes on chromosomes. RAPD的基本概念和原理 RAPD的引物： （1）为随机引物 （2）序列较短（通常为10个核苷酸） （3）为一个寡核苷酸单链引物 RAPD的优缺点 优点： （1）不需DNA探针，设计引物不需知道序列信息。覆盖整个基因组。具有广泛适用性和通用性。 （2）用一个引物可扩增出多片段。 （3）技术简单，需要样品量少，成本低。 （4）每个RAPD标记相当于基因组分析中的靶序列位点，简化信息的转移过程。 （5）可以对RFLP难以分析的基因组区域做遗传连锁图。 （6）分析自动化。 RAPD的优缺点 缺点： （1）显性标记，无法区别显性纯合体和杂合体。 （2）对反应条件敏感，重复性差。模板浓度、 Mg 2+浓度，PCR反应中条件的变化等。 （3）存在共迁移问题。不同个体相同分子量的片段 不一定同源；一条带可能包含不同的产物。 AFLP标记 AFLP：扩增片段长度多态性 （amplified fragment length polymorphism） AFLP技术是1992年由荷兰Keygene公司的科学家Zabeau Mare和Vos Pieter发明并发展起来的一种选择扩增限制酶切片段的方法。 AFLP的基本原理 植物基因组DNA经限制性内切酶消化形成相对分子量大小不等的随机限制性酶切片段，随后将特定的接头连接在这些DNA片段两端，接头序列和邻近限制性酶切位点作为引物进行PCR扩增，最后通过PAGE分离扩增的特异限制性片段。在不需要DNA序列的情况下，利用一套特定引物可在一次单个反应中检测到大量的片段。 AFLP的优缺点 优点： （1）少量引物可获得较多标记，50~150条带 （2）多为显性标记或共显性标记，受环境影响 小，无复等位效应 （3）带型清晰，具高分别率 （4）由于用两种引物经两步选择扩增，带型稳定，带纹丰富，灵敏度高，重复性好 （5）不需事先知道DNA序列信息 缺点：操作复杂，费用较高 SSR标记 SSR：简单重复序列（simple sequence repeat）多态性，也叫微卫星标记。 微卫星：即短串联重复(Short? Tandem? Repeat，STR)，它是由2-6bp重复单位构成的DNA序列，通常多态性片段长度在100-300bp。以人类基因组为例，平均每15-20kb就存在1个STR座位，据此估计整个人类基因组中大约有50,000-100,000个STR位点。由于微卫星DNA具有高度的多态性和遗传稳定性，所以非常适合作为遗传学DNA分子标记。 真核生物基因组中散布着大量的微卫星DNA，微卫星DNA由更短的重复单位串联而成，重复长度一般为2~6bp，一个SSR总长度可达几十到几百bp。许多微卫星间的不等交换或复制过程中的DNA滑动而高度可变，因而显示出了丰富的限制性片段多态性。正因为真核生物中富含简单重复序列，而重复序列两端往往是相对保守的限制酶位点，所以通过特异引物进行PCR扩增反应、琼脂糖凝胶电泳和放射自显影，就可检测到简单重复序列单位数不同的DNA区域多态性。 分子标记的应用 分子标记遗传图谱的构建和基因定位 分子标记对质量性状的基因定位 数量性状基因位点（QTL）分子标记对定位的研究 分子标记辅助选择育种 比较基因组分析 分子标记用于种质鉴定的研究 基因芯片技术和应用 概念：采用原位合成或直接点样的方法将大量DNA片段或寡核苷酸片段以预先设计的方式排列在硅片、玻璃等介质上形成微矩阵，待检测样品用荧光分子标记后，与微矩阵杂交，通过荧光扫描及计算机分析即可获得样品中大量的基因序列及表达信息，以达到快速、高效、高通量的分析生物信息的目的。 基因芯片技术和应用 按载体材料分：玻璃芯片、硅芯片、陶瓷芯片 按点样方式分：原位合成芯片、微矩阵芯片、电定位芯片 按DNA种类分：寡核苷酸芯片、cDNA芯片 按用途分：表达谱芯片、诊断芯片、指纹图谱芯片、