20131230蛋白质组学及生物信息学.ppt

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* 在质谱仪中,离子化源和质量分析器是两个中心部件,不同类型的质谱仪主要就是根据这两个部件命名的。左边是电喷雾离子化源(ESI),右边是基质辅助激光解析离子化源(MALDI)。 飞行时间质谱(time-of-flight (TOF) * * The AB 4700 is a MALDI TOF/TOF Mass Spectrometer with a reflector and (optional) linear analyzer. The model shown has an optional Autoloader for high throughput. * One-dimensional gels (for example, analysis after affinity purification) Two-dimensional gels (for example, analysis after affinity purification, body fluids, etc.) Protein chips (chips coated with, for example, proteins or antibodies) Proteins/protein complexes in solution (identification without electrophoresis) * * PROSITE /prosite 由有生物学意义的Pattern 和Profile组成,用适当的计算工具。可有助于判断一个新的序列属于哪个家族(如果存在的话),或含有哪些已知的结构域。 (Helping to understand the belonging of a new motif or its structure) ★蛋白质三维结构和相关数据库 1. PDB /pdb/ 是美国Brookhaven实验室的大分子结构数据库,主要是通过X射线晶体衍射、核磁共振等手段测定的生物大分子的三维结构,也包括了核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。 截至2012/10/16,已含有约85435个结构,90%是蛋白质结构。(Macromolecule databse of Brookhaven, including the structures of proteins from X-ray, NMR and others, also including 3-D structures of nucleic acid, complex and others. Till Oct 12, 2011, there are 76,495 structures in this databse, 90% of which are protein structures.) 观看生物分子3D微观立体结构的软件,可以旋转,以多个模式观看,并可以存成普通图形文件。(Software for 3D structure showing: rotating, multiple modes, converting into normal JPG files) IE与NetScape浏览器插件, 可直接用浏览器观看PDB文件,直接观看3D分子。(plug-in unit of IE and NetScape, can see PDB files and 3D molecules directly) CHIME 2.6 SP6 PDB格式至POV格式转化工具,可将大分子PDB格式文件转化为POV格式,以便用pov-ray进行三维渲染,生成质量非常高的分子三维图形。 (Converting tools to change the PDB files to POV files for the 3D color applying of pov-ray, to produce high-quality 3D graphics.) MolPOV 2.0.8 2. CPHmodels: www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/ 采用同源建模来预测蛋白质三级结构的一个网络服务器,同时也采用了以预测距离为基础的串线(threading)算法。 (A web server for protein structure prediction using Homology Modeling, also using the threading algorithm ) 同源建模是先在蛋白结构数据库中搜索目标蛋白的同源蛋白作为模板,将目标蛋白与模板进行比对,再运用一定的运算

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