蛋白质工程流程功能综述.docVIP

【摘要】 我们知道生物产生的天然蛋白质是在长期进化过程中产生的，它的结构性能已经不能完全满足人类生产生活的需要。于是我们要对现有的蛋白质进行改造，制造出目前从天然蛋白质中找不到的蛋白质来满足人类生产和生活的需要。于是我们就需要预测蛋白质的空间结构。二级结构预测被认为是预测三维结构所经过的一个阶段，即首先从一级结构预测出二级结构，然后把二级结构堆积成最后的三维结构。折叠识别技术目前还不是特别可靠的技术，只有在序列相同比率在30％一50％时，才有可能获得准确的估计。相关程序的结果也相当粗糙，大多数情况下难以作为同源性建模研究的依据，但是它是大多数蛋白质结构预测信息唯一可利用的工具。 【关键词】：蛋白质工程 结构预测 测序方法 应用 【引言】 20世纪 70年代以来, 对蛋白质的分子改造渐渐进入研究领域, 通过对蛋白质分子进行突变, 得到具有新的表型和功能或者得到比原始蛋白相对活力更高的突变体,对蛋白质的分子改造技术逐渐纯熟。已有研究表明，蛋白质工程在医药、工业、农业等各行各业中均具有广阔的应用前景。随着蛋白质工程研究对象的扩大和技术的成熟，其应用领域也将不断拓宽。 蛋白质工程的诞生 我们知道生物产生的天然蛋白质是在长期进化过程中产生的，它的结构性能已经不能完全满足人类生产生活的需要。例如：干扰素是一种动物体内的抗病毒、抗肿瘤的药物蛋白，但在体外保存相当困难，以及其需求量日益增加。 于是我们要对现有的蛋白质进行改造，制造出目前从天然蛋白质中找不到的蛋白质来满足人类生产和生活的需要。这样人们就开始了新一轮的探索，蛋白质工程应运而生了。 早在80 年代初美国Genex 公司K. U lm er第一次提出蛋白质工程概念, 并建立了专门研究实体, 制定了相应研究开发计划。其后,以美国为首的几家生物技术公司同时应用蛋白质工程技术得到几种蛋白质结构, 标志着蛋白质工程正式诞生。 蛋白质工程 定义：是研究蛋白质分子结构规律与生物学功能的关系，对现有蛋白质加以定向修饰改造、设计和剪切，构建生物学功能比天然蛋白质更加优良的新型蛋白。从预期功能出发，设计期望结构、合成目的基因并有效表达或通过定向诱变、定向修饰和改造等一系列工序，合成优良蛋白 蛋白质结构预测 测序整体介绍 依据待预测的蛋白质结构与数据库中蛋白质序列同源度大小，蛋白质结构预测的流程如图3．1： 蛋白质二级结构预测 在二级结构预测方面，主要有以下几种不同的方法，即立体化学方法、图论方法、统计方法、最邻近决策方法、基于规则的专家系统方法、分子动力学方法和人工神经网络方法。较传统的方法如Chou．Fasman方法，GOR方法，Lim方法等等，这类方法总的特点是以原子间距，扭角或氢键模式作为根据，但在实际预测中，影响蛋白质构象的因素很难考虑周全。理论和实验表明，不同的氨基酸残基在不同的局域环境下具有形成特定二级结构的倾向性，因此在一定程度上，二级结构的预测可以归结为模式识别问题。二级结构预测的目标就是预测某一个片段中心的残基是α螺旋，还是β折叠，或是其它。尽管人们己经建立了许多二级结构的预测方法，但其准确率一般都不超过70％。这很可能是由于这些方法大都只利用序列的局部信息，预测时考虑的局部序列长度一般小于20个氨基酸残基。因为局部序列对二级结构的影响只占65％左右，所以在预测蛋白质二级结构时，需要考虑全局信息和进化信息等。 二级结构预测被认为是预测三维结构所经过的一个阶段，即首先从一级结构预测出二级结构，然后把二级结构堆积成最后的三维结构。 蛋白质三维结构预测 三维结构预测是指从蛋白质的一级结构出发测定未知的蛋白质的空间结构，这是蛋白质结构预测的最终目标。目前还没有一种预测方法能得到比较满意的结果，不过最近的发展十分令人鼓舞，产生了一些有一定作用的三维结构预测方法。并且随着对蛋白质结构规律和折叠规律的进一步认识，蛋白质三维结构预测已经转变为如何有效的搜索构象空间和如何区分出天然结构和错误结构的问题。 x射线晶体衍射方法和多维核磁共振技术是目前测定蛋白质结构的主要方法，但实验方法耗资耗时，且受实验条件的限制，因此利用数学和计算机技术预测蛋白质结构具有十分重要的意义。蛋白质一级结构决定其空间结构是蛋白质结构预测的基础。目前，从理论上预测蛋白质结构的方法通常有基于知识的预测(同源模建，折叠识别)和从头预测。基于知识的预测依赖于人们对于蛋白质结构规律的认识，其基础是对于已知的蛋白质结构进行分析，总结结构规律，因而，用这种方法无法产生全新结构。从头预测不需要已知结构信息，直接从蛋白质序列预测其空间结构，在理论上是一种理想的方法。 测序方法 折叠识别方法 折叠识别是近年来发展起来的～种比较新的方法。它可以应用到没有同源结构的情况中，并且不需要预测二级结构，便可以直接预测蛋白质