基因芯片在海洋微生物中的应用.ppt

基因芯片在海洋生物中的应用 杨宝军 一、基因芯片 1.1 基因芯片的应用前景及领域 1.2 基因芯片的概念和原理 1.3 基因芯片的特性 1.4 基因芯片的分类 1.1 基因芯片的应用前景及领域 基因芯片技术已在生命科学众多领域显示出巨大的潜力与诱人的前景, 被认为是继基因克隆技术、基因测序技术和PCR技术后的又一次革命性技术突破 。 如在生物制药领域、环境医学领域、分子生物学研究领域和医学临床检验领域就显示出强大的生命力。其中关键就是其具有集约化、标准化、微型化的特点 , 从而有可能实现“将整个实验室微缩到一片芯片上”的愿望。 1.2 基因芯片的概念和原理 基因芯片(gene chip)属于生物芯片的一种, 又称DNA芯片(DNA chip)、DNA微阵列(DNA microarray)或寡核苷酸微阵列(oligonucleotide microarray),实际上就是以特定的排列方式固定有大量寡核苷酸、cDNA或DNA片段的载体。 其原理是根据核酸的分子杂交衍生而来, 它将众多具有特异性的寡核苷酸片段或基因片段按照一定方式规则地固定于玻璃片、硅片、陶瓷等固相支持物表面,再与标记的样品分子进行杂交, 通过对杂交信号的检测分析获取各样品靶分子的数量和序列信息。 用作基因芯片载体的材料有玻片、硅片、瓷片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜和尼龙膜等。其中最常用的是玻片。为确保实验中探针能够牢固的固定于载体上，通常在载体表面进行多聚赖氨酸修饰、醛基修饰、氨基修饰、巯基修饰等，使载体具有生物特异性的亲和表面。最后将制备好的探针固定到活化的基片上，放入适宜的条件下，使之发生核酸杂交反应。 芯片荧光标记物不同，检测荧光信号的方法也不尽相同。目前主要的荧光信号检测方法有荧光染料法、放射性核素法、生物素法。我们通常所用的是以玻片为载体的芯片，而与之对应的常用的荧光信号检测方法是荧光染料法。与之相对应的荧光检测装置有激光共聚焦显微镜、激光扫描荧光显微镜、激光共聚焦扫描仪等。其中激光共聚焦扫描仪已经发展成为基因芯片的配套检测系统。 芯片制作 被测试样品处理 探针在基质上的点 入或原位合成 靶分子的富集和标记( 基因转录、m R N A 逆转录或P C R 扩增) 探针阵列与标记靶核酸的杂交 激光共聚焦扫描采集杂交信息 数据处理，信息分析 1.3 基因芯片的特性 这一技术明显的特性就是将生物化学分析系统进行微缩, 集中分析实现高通量、连续、高效且快速的检测过程, 大大缩减了试验时间, 减少试剂消耗。 并且, 基因芯片还具有高灵敏性、高准确性、载体坚固且耐高温、可对基因表达进行定性和定量分析、检测靶分子种类等特性。 此外, 芯片制作及对样品的分析、杂交洗片等过程都可实现自动化, 工作效率大幅提高 1.4 基因芯片的分类 基因芯片大体可分为微阵列芯片和微流控芯片两种。微阵列芯片又包括固相微阵列芯片和液相微阵列两种。 微阵列芯片 微流控芯片 固相微阵列芯片 液相微阵列芯片 cDNA芯片 寡核苷酸芯片 二、基因芯片在海洋微生物中的应用 2.1 在海洋微生物分类与鉴定方面的研究应用 2.2 在遗传多样性分析与基因突变方面的应用 2.3 在海洋微生物基因差异性表达上的应用前景 2.4 在海洋微生物活性物质筛选方面的应用 2.1 在海洋微生物分类与鉴定方面的研究应用 分类与鉴定是整个生物学研究的基础。传统的分类鉴定方法主要以形态鉴定为主, 需借助显微镜对微生物显微结构进行观察, 该方法具有一定局限性。 以一些共生藻类为例, 因适应共生生活的需要, 其细胞形态特征改变或丧失, 这使得对这些藻体的形态学鉴定工作变得非常困难 相对于形态学性状而言, 分子性状不仅是前者的补充,而且具有能较客观准确地反映生物类群之间的系统发生、易于定量化等优点。不过分子生物技术也存在操作复杂、费用较高、现场检测效率低等问题尤其面对赤潮灾害, 还无法建立快速准确的分子预警机制。 基因芯片就可突破这个瓶颈, 能在现场展开实时分类和鉴定。 2.2 在遗传多样性分析与基因突变方面的应用 海洋微藻数量巨大、种群繁多、多样性程度高。利用基因芯片来检测遗传多样性, 突显快速、高通量且准确的优势, 尤其是使用芯片实验室(Lab-on-a-Chip)。它将分子杂交、显影等步骤微缩至同一块芯片上进行, 实现反应流程化、衔接快速化, 真正意义上达到自动、智能处理分析样品和结果。 此外, 基因芯片还可以准确地确定突变位点和突变类型, 同时检测多个基因乃至整个基因组的突变, 对发现新藻株和经济藻类选育有所帮助。 2.3在海洋微生物基因差异性表达上的应用前景 基因芯片技术可以直接检测mRNA的种类及其丰富度, 因而成为研究基因表达的有力工具 。然而, 基因表达受到外界环境和内在环境双重影响。在不同的环境条件下, 基因表达的