双脱氧末端终止测序法原理 过程和目标基因cDNA序列拼接和分析.pptVIP

双脱氧末端终止法测序的原理、过程和目标基因序列的分析 教 师：程 琳 2011 年 11 月 实 验 目 的 1、通过本实验了解双脱氧链终止法的基本原理，掌握DNA测序的基本方法； 2、学会序列查询、核酸及蛋白质的同源性搜索和比对。 2、具体操作： 测序时分成四个反应, 每个反应除上述成分外分别加入2,3-双脱氧的A, C, G, T核苷三磷酸（称为ddATP, ddCTP,ddGTP, ddTTP）, 然后进行聚合反应。在第一个反应中, ddATP会随机地代替dATP参加反应，一旦ddATP加入了新合成的DNA链，由于其第3位的-OH变成了-H, 所以不能继续延伸,于是第一个反应中所产生的DNA链都是到A就终止了。 二、序列比对分析 1. 相似性与同源性 相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。 2. Blast简介及应用 （1）Blast简介 BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。 BLAST是“局部相似性基本查询工 具”（Basic Local Ali