高性能计算集群系统设计和实现.PDFVIP

第 43 卷 　第 6 期 ( ) Vol. 43 　No. 6 厦门大学学报 自然科学版 　2004 年 11 月 Journal of Xiamen University (Natural Science) Nov. 2004 　 ( ) ·研究简报· 文章编号 2004 高性能计算集群系统的设计和实现 何素贞 ,李书平 ,吴晨旭 (厦门大学物理学系 ,软凝聚态物理研究室 ,福建 厦门 361005) 摘要 : 主要论述了运用 Oscar2. 3. 1 集群管理软件设计和搭建基于 Linux Redhat9. 0 的高性能计算集群系统的过程 , 并以支持集群并行计算的 VASP 包为例 ,通过对 8 个原子的立方结构 C 超原胞、64 个原子的立方结构 C 超原胞和 18 个原子的六方结构 ZnO 超原胞的自洽计算 ,验证集群系统在计算性能上的优越性 , 同时提出了进一步提高集群性能 的方案 , 以满足大型的科学计算和数值模拟. 关键词 : 集群系统 ;Oscar ;并行计算 中图分类号: O 411. 2 文献标识码 :A 　　　　　　　　　　　　　　　 　　在科学领域里经常需要对大量数据进行多次重 指通过把一个大的问题分解为彼此独立且又相关的 复运算 ,而单台计算机的处理能力远远达不到要求 , 子问题 ,然后再散列到各个计算节点上并发执行的 这就需要创建一个高性能计算集群系统 , 即通过多 一种计算方法. Beowulf 集群编程通过使用消息传递 台计算机来协同完成一个任务. 编程模型来实现. 在这种模型中 ,并行程序由一系列 集群是以网络技术连接起来的工作站或 PC 机 进程构成 ,每个进程处理数据的一个子集. 进程使用 的组合 ,这些工作站或 PC 机就像一个单独集成的 消息进行相互通信 ,访问和修改属于其他进程的数 计算资源一样协同工作[1 ] ,这些单个的计算机就是 [2 ] 据 , 比较常见的消息传递库 有消息传递界面 MPI ( ) 集群的节点 node . 目前集群系统主要有3 种类型 : (Message Passing Interface) 和并行虚拟机 PVM ( Paral ( ) ( ) ( ) 1 高可用性集群系统 ; 2 负载平衡集群系统 ; 3 lel Virtual Machine) . 高性能计算集群系统. 集群系统采用的主要操作系 统有VMS 、Unix 、WindowsNT 以及Linux. Linux 高性能 1 　高性能计算集群系统的设计和实现 集群系统有一个很著名的系统结构 Beowulf 集 1. 1 　高性能计算集群系统的设计 群系统 ,它由计算节点和管理节点构成. 管理节点为 我们设计的高性能计算集群系统结构如图 1 所 Server 端 ,计算节点为 Client 端 ,S