第二章核酸数据库及核酸序列的分析第二节序列数据库检索.ppt

所谓检索，是指对序列、结构以及各种二次数据库中的注释信息进行关键词匹配查找。例如，对蛋白质序列数据库SWISS-PROT输入关键词insulin，即可找出该数据库所有胰岛素或与胰岛素有关的序列条目。 美国国家生物技术信息中心NCBI开发的Entrez是目前国际上最为著名的生物信息数据库查询系统之一，网址为/entrez。该系统目前包括的数据库见下表。 Entrez是面向生物学家的数据库查询系统，其特点之一是使用十分方便。它把序列、结构、文献、基因组、系统分类等不同类型的数据库有机的结合在一起，通过超文本链接，用户可以从一个数据库直接转入另一个数据库。 Entrez的另一个特点是把数据库和应用程序接合在一起。例如，通过“Related sequence”工具，可以直接找到与查询所得蛋白质序列同源的其他蛋白质。查询得到的蛋白质三维结构，可以通过在用户计算机上安装的Cn3D软件直接显示分子图形。 Entrez系统的开发基于特殊的数据模型NCBI ASN.1，在对于文献摘要中的关键词查询时，不仅考虑了查询对象和数据库中单词的实际匹配，而且考虑了意义相近的匹配。 PubMed数据库概述 1）.由美国国立医学图书馆所属国家生物技术信息中心(NCBI) 建立。 2）. 登录PubMed的网址：/PubMed 3）.收录范围 MEDLINE OLD MEDLINE In-process citations Publisher supplied citations MEDLINE 收录了全世界70多个国家和地区的4800余种生物医学期刊，起始时间1966年，目前文摘条目1200?万篇，年报道量近40万条，英文刊物占90%、3/4有英文摘要，每周更新。 内容涉及：医学、药学、牙医学、护理学、卫生保健、兽医学等专业。 记录标注[PubMed - indexed for MEDLINE] OLDMEDLINE for pre-1966 citations In-process citations 是临时性医学文献数据库，每天接收新数据，经MeSH词表标引后，每周向medline移加一次。 记录标注[PubMed - in process] Publisher Supplied Citation 出版商直接向PubMed递送的电子记录中不被Medline收录的部分。 记录标注[PubMed - as supplied by publisher] 4）PubMed的特点 免费提供题录和文摘 可与提供原文的网址链(部分免费获取） 提供检索词自动转换匹配 操作简便、快捷 5） PubMed的基本检索功能 词语检索及自动词语匹配 作者姓名检索 杂志名称检索 截词检索 短语检索 逻辑运算符检索 词语检索及自动词语匹配 词语检索： 在检索框中键入一到多个检索词，按“GO”键，即显示检索结果。 “clear”按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。 自动词语匹配： PubMed能自动利用它的“自动词语匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成规范的用词。 如：输入vitamin c common cold，系统会将自动转换成(“ascorbic acid”[MeSH Terms] OR vitamin c[Text Word]) AND (“common cold”[MeSH Terms] OR common cold [Text Word])进行检索。这种处理能使检索结果更精确和全面。 MeSH—— Medical Subject Heading 作者姓名检索 在检索框内按照姓+名缩写(不用标点)的格式键入作者姓名，如Smith JA，Huang JF，系统会自动在作者字段内进行检索。 可以在姓名后加[AU]或[au] au—author 杂志名检索 在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol boil cell， 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检索，如1059-1524 可以在杂志名称后加[ta] ta—title abbreviation 截词检索 截词符“*”代表多个字符，将*加在检索词后表示对所有以该词开头的词进行检索；如：bacter*，可以检出bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等词。 短语检索 用“ ”把检索词括起来，强制PubMed进行词组检索。如“single cell”。 当用双引号括起词语时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。 逻辑