怎样做序列blast的分析.pptVIP

* 内容提要 Blast简介 Blast相关问题 Blast的应用 示例 Blast简介 BLAST 是NCBI中用来将一个蛋白质或DNA序列和各种数据库中的其他序列进行比对的主要工具。 BLAST搜索是研究一个蛋白质和基因的最基本的方法之一。 Blast具有非常广泛的运用 确定特定的蛋白质或核酸序列有哪些已知的直系同源或旁系同源序列 确定哪些蛋白质和基因在特定的物种中出现 确定一个DNA或蛋白质序列身份 发现新基因 确定一个特定基因或蛋白质有哪些已经发现了的变种 研究可能存在多种剪切方式的表达序列标签 寻找对于一个蛋白质的功能和/或结构起关键作用的氨基酸残基 * 主要的blast程序 * * 主要的blast程序 程序名 查询序列 数据库 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列 Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列 Blastx 核酸 蛋白质 核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索。 Tblastn 蛋白质 核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6框翻译后的蛋白质序列逐一比对。 TBlastx 核酸 核酸 核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。 * 具体步骤 1. 登陆blast主页 /Blast.cgi 2