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MEGA 软件的使用 引言 现代分子生物学所积累的数据库 （如美国国家生物信息中心建立的 GeneBank 等）隐含着大量的生物系统学和生物进化的有用信息。计算机软件是 挖掘这些知识宝藏的最有效的工具，而且这些数据库不断快速扩展，信息量十分 庞大。因此，如果没有计算机软件的帮助，我们简直无法开战分子系统学和分子 进化方面的研究工作。同样，这些数据分析方法和软件在古 DNA 研究中是必不 可少的。 因为有着坚实的分子进化和人类遗传学基础，序列比对分析已经成为重构物 种和基因家族进化历史，估算分子进化速率、推断基因和基因组进化过程中自然 选择力量的强度等的必不可少的方法和手段。计算机的应用和统计学的介入大大 简化这些工作。在这些背景下，Sudhir Kumar、Koichiro Tamura 和 Masatonshi Nei 和在上世纪九十年代初就发展了 Mega 遗传分析软件，并不断改进。现在公布了 3.0 版，增添很多新功能，并使软件使用者能在线取得帮助。 Mega （Molecular Evolutionary Genetics Analysis ）是一个界面友好、操作简 便、功能强大的分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软件。尤其 是，Mega 的新版本对使用界面做了优化，并有改进了许多统计学和遗传学算法， 其支持的文件格式很多，而且可以直接从测序图谱中读取序列。另外，Mega 软 件还内嵌了一个 Web 浏览器，能直接登录NCBI 网站。 Mega 软件操作起来很方便，其界面与传统的Windows 程序界面很像，即使 初学者也很易上手。 Mega 软件功能十分强大，尤其在计算遗传距离、构建分子系统树方面。Mega 软件提供多种计算距离的模型，包括Jukes-Cantor 距离模型、Kimura 距离模型、 Equal-input 距离模型、Tamura 距离模型、HEY 距离模型、Tamura-Nei 距离模型、 General reversible 距离模型、无限制距离模型等。Mega 软件可以计算个体之间 的遗传距离，还可估算群体间的遗传差异，及群体间的净遗传距离；而其还可以 估算一个群体或整个样本的基因分歧度的大小。另外Mega 还提供了多种构建分 子系统树的方法，包括算术平均的不加权对群法 （UPGMA ，unweighted pair group method with arithmetic mean ），邻接法 （NJ ，Neighbor-Joining ），最大简约法 （MP ， Maximum Parsimon ）、最小进化法 （ME ，Minimum Evolution ）等。在此基础上， Mega 软件还提供了对已构建系统树的检验，包括自展法 （Bootstrap Method ）检 验和内部分支检验等。在对于自然选择方面，Mega 软件提供了 Codon-Based Z 检验、Codon-Based Fisher`s 原样检验 t 和 Tajima 中性检验三种方法。总之，Mega 软件提供了构建分子系统树，进行系统发育分析各个方面的计算和分析。 本章将以古 DNA 数据分析为例，介绍 Mega 软件的基本原理和方法、使用 和操作、以及相关结果的分析。 Mega 软件包的下载网址为： Mega 软件输入数据的格式软件输入数据的格式 软件输入数据的格式软件输入数据的格式 Mega 软件输入数据的格式比较简单，在众多遗传学分析软件中是比较容易 制作的一种。 首先，如果输入数据是一般的DNA 或 RNA 序列，则有如下要求：1）文件 扩展名以*.meg 或*.txt 结尾都行；2 ）输入数据文件，第一行必须有 Mega 程序所 需的特殊标记 “#MEGA ”；3 ）“TITLE ”位于输入文件的第二行，后边可以跟上 一些说明性字符，这些字符在