dmol3castep的基本原理和参数设置.ppt

* * Things are not always this simple. Consider this reaction path, which exhibits two more minima connected by another TS. This means our structure A, which we may have started with, is not the correct reactant and the rate-determining step involves the transition from M2 to B. (KBS) * * * * A M1 M2 B TS 1 TS 2 A ? B involves 2 unexpected minima 能否在反应物、产物和TS 2之间找到其他能量最小的结构？ A M1 M2 B TS 1 TS 2 传统方法: 由TS 出发 执行最陡下降法计算 简单的最陡下降法优化 阻尼MD计算 — 要求大量的步骤 二阶导数法 — 要求进行大量的Hessian矩阵计算 在第一个找到的最小点处结束 NEB方法. 搜索完整的反应路径 需要计算的步数少 不需要计算Hessian矩阵 依赖于离域内坐标优化和QST算法 NEB – 思路描述 C B A 收敛到“正确答案”！ 由TS Search计算得到的QST路径出发 在QST路径上设定“映像结构” C B A QST IRP 考察反应路径 A ? C 反应路径未知 A ?B ? C 1) 将“映像结构”相关联 垂直于路径方向进行结构优化 C B A 2) TS Conformation 在执行TS Conformation的时候，需要注意，一定要将TS Search中得到的xtd轨迹激活，并在这一窗口下执行TS Conformational工作。 执行TS Search计算工作 在TS Search得到的xtd路径上，进行TS Conformaiton工作 完成后会给出IRP路径，可能有一些局域最小点 对新找到的最小点结构进行优化 如果必须，在新得到的最小点结构之间执行TS Search计算工作 CASTEP的基本原理和参数设置 CASTEP将电子波函数通过平面波函数展开 赝势 pseudo wave function pseudopotential 有效的减少平面波数目 只适用于周期性体系 计算任务(Task) Energy, Geometry optimization, Elastic constant, TS search, Properties 精度控制(Quality) 交换相关函数(Functional) LDA: CA-PZ GGA: PBE, RPBE, PW91, WC, PBEsol B3LYP 0PBE HF, HF-LDA sX, sX-LDA 自旋极化(Spin polarized) 初始自旋值(Initial spin) 体系电荷 动能截断值(Energy cutoff) 自洽计算收敛精度(SCF tolerance) K点设置(k- point set) 赝势(Pseudopotential) Ultrasoft, Normconserving, On the fly 赝势的表达，实空间 or 倒空间 Core hole的选择 More…… Basis ——基组的相关参数设置 动能截断值的设定 FFT格子设定 基组的测试(Finite basis correction ) SCF ——自洽计算的相关参数设置 k-points Potential ——选择赝势 Basis ——基组的相关参数设置 SCF ——自洽计算的相关参数设置 收敛精度的具体设定 自洽计算允许的步数 Density mixing 轨道占据数 初始自旋值的优化 k-points Potential ——选择赝势 Density Mixing参数控制体系中，如何根据特征