《计算化学方法确定天然产物绝对构型》.pptVIP

计算化学方法确定天然产物绝对构型;天然产物绝对构型确定方法;计算ECD，VCD和OR的比较;手性分子的旋光性;旋光性的计算;计算公式;一般计算过程;;获取初始结构;输入文件中的分子坐标;常见软件中分子坐标的形式;1. 构象搜索;1. 构象搜索;1. 构象搜索——方法;系统搜索法 链状结构部分：对任何可旋转键，按照一定间隔的二面角旋转 （grid search）。 环状结构部分：断开其中的一根键，再按照链状的搜索方法进行搜索，最后将做的构象根据断开键处两个原子间距是否能成键作为筛选标准。 对于环状结构部分和链状结构的搜索，在不同的计算软件中都做了相应的较多优化，例如检查空间位阻、拐角摆动算法、采用固定模板搜索、对称性限制等，从而加快搜索时间，提高搜索效率。 常用软件：MULTIC, CONFLEX, CONFIRM, SYBYL。;随机搜索法 理论上只要搜索足够的数目，可以得到全局极小。 主要三步骤： 选取初始构象：一般选择已优化好的构象，或者是上次找到的最低能构象。 改变分子坐标：可通过改变笛卡尔坐标的XYZ坐标的值和改变内坐标的角度这两种方式来实现。 停止搜索：其标准为没有新构象产生，即同一构象产生多次时即可停止。 常用软件：RIPS, MCMM, Cerius2 ;模拟淬火法 高温动力学和能量优化结合的方法，使用MD可升到高温(600~1200K)，从而克服分子各构象间的势垒，是分子在各种可能的构象中自由转化。 具体设置： 升温过程：5~10 ps 高温下模拟时间：100 ps 过程： 选择力场，构建分子 设置分子动力学参数 设置保存的文件 (Snapshots) 设置监视的内容 开始运行，监视内容保存为CSV文件 运行结束，使用回放功能 (playback) 观看结果 选择存储的数据进行优化 总结结果;模拟退火法 为了克服模拟淬火动力容易陷入区域极小点的缺陷，可将升高的体系温度降至室温或更低的温度 (0K)，从而可以得到能量相对比较低的极小值。 再将得到的构象进行优化从而得到近似全局极小。 对溶液的模拟采用周期性边界条件方法进行处理。 常用软件：HyperChem, GROMOS等;Monte Carlo法 基于给定温度下的Boltzmann分布所得到的随机数值来抽样检测相空间，以概率统计理论为基础，以随机抽样为主要???段。首先建立一个概率(或随机过程)模型，使它的参数等于问题的解。然后通过对模型(或过程)的抽样试验来获得有关参数的统计特征解的近似值及精度估计。Mont Carlo模拟常用来计算一个分子或分子体系的平均热力学性质，并可扩展到研究分子结构以及液体/溶液的平衡性质。 如一个分子，随机选取其某一个构象角可得到许多可能的构象，如果取样足够多，则可以用Boltzmann分布来验证，给出统计的结果;构象搜索的意义;找到了三个稳定的构象： 椅式-半椅式 (CTC) 椅式-椅式 (CC) 船式-半椅式 (BHC) 并结合Boltzmann 权重分析，得到其相对含量分别为：37%，37%和26%。;2. 分子性质计算——方法;2. 分子性质计算——基组;应用实例一;应用实例二;P-configuration;;CD谱计算过程;;CD谱计算过程的优化;;;;W16 W95-2 W95-1;应用实例三;常用分子模拟软件;参考书目;dsfdbsy384y982ythb3oibt4oy39y409705923y09y53b2lkboi2y58wy0ehtoibwoify98wy049ywh4b3oiut89u983yf9ivh98y98sv98hv98ys9f698y9v698yv98x98tb98fyd98gyd98h98ds98nt98d8genklgb4klebtlkb5k tkeirh893y89ey698vhkrne lkhgi8eyokbnkdhf98hodf hxvy78fd678t9fdu90gys98y9shihixyv78dfhvifndovhf9f8yv9onvkobkw kjfegiudsfdbsy384y982ythb3oibt4oy39y409705923y09y53b2lkboi2y58wy0ehtoibwoify98wy049ywh4b3oiut89u983yf9ivh98y98sv98hv98ys9f698y9v698yv98x98tb98fyd98gyd98h98ds98nt98d8genklgb4klebtlkb5k tkeirh893y89ey698vhkrne lkhgi8eyokbnkdhf