单晶结构解析常见问题问答.docxVIP

1. 为什么要提高空间群的对称性？ 有时候在对称性较高的空间群内不容易解得初结构，在这种情况下可以降低对称性来解，但是解完以后还 要把空间群转换回去。 1．1 先安装 Platon 从其主页上下载 http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/ http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/pwt_setup.zip http://www.chem.gla.ac.uk/~louis/software/platon/platon.zip Download the PLATON for Windows Taskbar 和 Download the PLATON executable. 然后解压安装，首先安装 pwt，安装时需设定系统环境变量，安装后再将 platon 解压后复制到 pwt 的 安装目录内即可。 1.2 运行 pwt.exe 点击 File－－Select Data File，选择要升高对称性的结构文件*.res 或者*.ins。 再点击 Publish－addsym 系统显示检查画面，如提示有更高对称性的空间群，则原先空间群有误，需 要进行转化。 再点击 Publish－addsym shelx，可以生成一个新的同名*.res 文件，此 res 文件会将原先的 res 文件覆 盖，在此文件的基础上继续精修即可。 应该没有任何问题，已经试过很多次了！ 最好用 xp 打开此 res 文件，然后再 file 一次，再作经修 2.  在 xp 中, 用 mpln 定义平面,仔细看那个方程(大家用 xp 操作时不要太快,因为那个方程第一个出来,一 块就找不到了),方程的等号右边有一个常数,你算第一个平面时将它记下,不过最好将望着的方程记下,然后 再算第二个平面,又有一个方程,记下常数项,然后二者一减就是二者的距离,不过平面越是完全平行这个值越 接近他俩的真实距离,平行与否可以看大家都能看到的那个夹角,另外也可以看刚才的方程的系数,系数相同 或者成线形比例,就平行. 3． 我的 CIF 文件里的对称代码 2_556 1_545 请问这些对称代码是如何算出来的？？ 　　在考虑对称单元的时候，在 ShelxTl 里面考虑 x，y，z 均为 9 个单胞的范围，并且把 N_555 规定为最初的 单胞，即此单胞内的原子坐标均小于 1，如果一个对称单元出现的下（x＋1，y，z）的那个那个单胞内， 则相应的堆成码就变成了 N_655，其他的如此类推，比如在（x－2，y＋1，z＋2）的单胞内，对称码就为 N_367，总之都是以 N_555 为最中心做相应的加减，这应该比较好理解。在那么大的范围内，我们希望长 出来的对称单元应该都可以长出来了。我们常见的对称码都在 N_555 附近，很少有大于 N_777 的和小于 N_333 的。 　　下面再来说前面的 N_555 中的“N”的含义，它表示对称操作（symmetry operators）的类型，它可以在 XP 界面下由 SYMM 命令得到，第几个对称操作，N 就相应是几了。N 在不同空间群内代表的对称操作是 不一样的。 　　欢迎大家继续讨论。 4. （１）画堆积图是是按什么原则的？　 （２）在堆积图中我找到两个分子有堆积作用，但是我如何 知道这两个分子是按什么对称代码得到的。 在 xp 中用 envi ##找出与第一个分子有作用的原子 sgen/mgen##生长 也就是说我要得到这样的两个分子，采用什么代码画出来？ 5.  我看见一些高手在解晶体时，时不时地查一下国际表。我是个新手，请问哪位高人告诉我国际表究竟 能给出啥信息？对解晶体到底有什么帮助？ 严格意义上，解晶体要知道等效位置的分布情况。 高手会手工导出，但推导很费时，所以才有捷径--查表。常用的目的有三： 是等效位置点，对一个晶体，不对称单元的原子一般要位于晶胞内靠近原点的等效点上，这是经常查表 的理由之一。不过，现在这一工作可在解完后交由 PLATON 协助处理，但高手是在解的过程中就将这一 问题解决了。 是空间群的合理性，这要结合 LST 得知的衍射反常点情况进行判断。这点程序 XPREP 尽管有提供，但 程序常常不尽合理，它只取前 N 个数据点处理。不过，由消光规律得出可能的空间群所需的知识很少。 大家应该掌握！ 是空间群的提高和降低问题，就是子群、同构群和母群问题。这点即便是非常的高手也是要经常查表的 原因。 另外，从子群、同构群和母群的关系也可以解释 U 因子为什么在某方向大、在某方向小，同时也可预期 晶体可能具有的功能性。 建议在你开始时，补充一下这方面的知识。这是解结构应该要尽可能具备的技能。 6