MassARRAY核酸质谱分析系统技术特点及应用(1).pdf

  MassARRAY 核酸质谱分析系统简介 ——全球独创核酸质谱高精度 DNA定性定量分析平台 公司简介 美国 Agena Bioscience 公司专一致力于 MassARRAY® 核酸质谱分析系统的系列产 品研发和生产。该系统于推出后，很快成为国际业界公认的 SNP 基因型分析和 DNA 甲 基化分析的黄金标准，是目前唯一应用飞行质谱对痕量核酸进行全方位研究的技术平台。 创新贡献 MassARRAY®系统完美地整合了 PCR 技术的高灵敏度、芯片技术的高通量、质谱 技术的高精确度和计算机智能分析的强大功能，成为对测序和芯片技术发现的大量候选 SNP 和 DNA 甲基化标志物，进行大样本量验证的重要工具。该技术于 2002 年参与“国 际人类基因组单体型图谱（SNP）Hapmap 计划”；2007 年香港中文大学卢煜明用其开拓 无创性产前诊断新里程“唐氏综合症测试突破”；2007 年美国哈佛大学 Garraway 领衔的五 国联合研究，首次“发现肿瘤基因体细胞突变”；2012 英国萨顿癌症研究所 Perkins 首次 “从外周循环血浆 DNA 检出肿瘤体细胞突变”开创“液体活检”的新里程碑。2014 年 6 月 16 日该系统的 IMPACT Dx™仪获得美国 FDA 认证，成为世界首台获批临床检测的 DNA 质 谱平台。同时 FDA 还特许该技术作为第二代测序仪 illumina MiSeqDx 的验证平台，以弥 补 Sanger 测序仪的灵敏度不足。 技术特点 本系统的突出特点是以极高的精确度和极快的速度，一次性扫描 384 个样本中的 多达 40 个 SNP 位点。首先进行多重 PCR 扩增，然后用经过修饰的 ddNTP 作单碱基引 物延伸，使质谱能够准确识别碱基，并依据峰面积报告每个碱基的频率。因此能够准确分 析样本中的等位基因分布频率，适用于遗传性疾病疾病检测和体细胞突变检测以及鉴别同 Room 1609, Building A, Fenglin International Center, No.380 Fenglin Road, Xuhui District, Shanghai 200032, PR China Office: +86.21.6427.0566 Fax: +86.21.6427.0511    一个体的正常或肿瘤组织。MassARRAY®反应体系不需要杂交，可避免杂交错配干扰， 也不需要荧光标记。其采用的高密度 SpectroCHIP 芯片能在 8 小时内完成 3840 个样本 的多重 SNP 鉴定，全自动分析结果，不受人为因素干扰。该系统分为 96 孔和 384 孔 2 种不同通量和 3 种仪器型号供用户灵活选择，可满足用户低、中、高不同通量的使用需 求。该系统的上市及时提供了从低到高不同规模的高效率和高质量检测 SNP 的技术平 台，顺应了当前医学疾病基因组疾病机制研究和临床诊断检测迅猛发展的趋势。 技术原理 核酸质谱主要通过单碱基延伸和分子切割的两种生物化学技术实现。 iPLEX® SNP 基因型分析 Assay Designer 软件 对 SNP 的 80-150bp 区域设计多重 PCR 引物，并对 SNP 位 点设计单碱基延伸引物。PCR 扩增处理：5ul 体系做 1-40 重反应，45 个循环；产物经虾 碱性磷酸酶(SAP)处理。单碱基延伸扩增 不同 长度的 1-40 条引物，用 ddNTP 作单碱基 延伸，200 个循环。DNA 质谱检测和数据分析 精确区分 4 种碱基的分子量，并自动报告 其生物学结果。 EpiTYPER® DNA 甲基化分析 亚硫酸盐将未甲基化的胞嘧啶转变为尿嘧啶;PCR 扩增和 SAP 处理用反链 5’端带 T7 启动子的引物扩增 500bp;产物经虾碱性磷酸酶(SAP)处理；体外转录将 DNA 转录为 RNA;碱基特异性酶切酶切 T 后,DNA 片段的分子量取决于亚硫酸盐