R语言作图之PCA作图和散点图.pdfVIP

. PCA分析和散点图 今天主要跟大家演示一下简单的 PCA 分析，并且以散点图的形式将结果展示出 来。 首先在进行 PCA分析之前，先跟大家稍微讨论下什么是 PCA 分析。 PCA 分析 又叫主成分分析，其实从字面上来理解我们可以发现它其实是和样品分组相关的。 举个简单的例子，我们观察了某种植物的株高、叶片大小、果实大小等等多种性 状，并记录每种性状对应的数值。这时候我们想看看根据这些性状信息看看我们观 察的样本是否明显的分组现象。每一种性状相当于一个维度。利用 PCA分析可以 将结果投影到一个低维的向量空间（具体计算就不详述了）。类似的比如我们多个 样本的表达谱数据，每个基因在各个样品的表达情况就可以算作一个维度。如果大 家对 PCA 算法感兴趣的话，可以自行百度，在这里就不进行太多的描述了。毕竟 今天主要是教大家怎么利用 R 进行 PCA 分析和结果展示。