宏基因组-PPT教案资料.pptVIP

宏基因组（Metagenomics）;;1.产生背景;2.宏基因组（广义）;3.宏基因组（狭义）;4.宏基因组学;分离特定环境生物DNA 纯化大分子量DNA进行克隆 将带有宏基因组DNA的载体通过转化方式转入模式微生物建立各自的无性繁殖系 对宏基因组文库的DNA进行分析;环境样品Environment samples;1.样品中DNA的提取和富集;（1）直接裂解法;（2）间接提取法;2.载体选择;Comparison of different clone vectors;3.宿主系统的选择;4.宏基因组文库的筛选;（1）基于序列的筛选方法;①.随机鸟枪法（Shotgun sequencing） 将一条完整的目标序列随机???断成小的片段 ,分别测序 ,然后利用计算机根据序列间的重叠关系进行排序和重新组装, 并确定它们在基因组中的正确位置。;;②.焦磷酸测序( Pyrosequencing) 焦磷酸测序技术是在焦磷酸盐测序法的基础上结合一种乳胶材料和皮升级反应孔，将基因组 DNA进行随机切割，批量地进行整个测序反应，能够在相同的时间内破译6×106组以上的基因组序列，比 Sanger法要快100倍，提高了测序的效率。;测序过程:;（2）基于功能的筛选方法;方法一：对具有特殊功能的克隆子进行直接检测； 方法二：基于异源基因的宿主菌株与其突变体在选择性条件下功能互补生长的特性进行 ;（3）底物诱导基因表达筛选(substrate-induced gene-expression screening，SIGEX);第一步：以 p18GFP为载体构建宏基因组文库； 第二步：在无底物情况下以异丙基 —β-D硫代半乳糖苷（IPTG) 基因为诱导物去除阴性克隆和 GFP表达的克隆子； 第三步：在培养基中添加底物诱导代谢关基因的表达； 第四步：根据 gfp基因的表达从宏基因克隆库中筛选出表达代谢基因的克隆子 ,利用荧光激活细胞分离仪 (FACS)从琼脂培养平板上将GFP表达的克隆子分离出来。;优点： 提供了一个有效的和经济的检测手段 增加了筛选的容量和效率 为高通量筛选提供了保障 不需要对在颜色筛选中使用的底物进行修改，勿需担心因修改底物而产生毒性 可以从底物来推断得出未知的酶，继而推断基因的功能;缺点： 目标基因的结构性和适应性很敏感，无法用于分析不能进入细胞质的底物，FACS对进样设备的要求也比较高； 代谢特定底物的调控子和操纵子在位置上不一定都相邻； 有些基因的表达除了受底物诱导外，还可能受其他因子的诱导，有些基因并不需要诱导，是本底水平表达的，有些可诱导基因在新的宿主中有可能不可被诱导表达 ;（4）其它筛选方法;荧光原位杂交技术： 利用荧光标记的特异核酸探针与细胞内相应的靶DNA分子或RNA分子杂交，通过在荧光显微镜或共聚焦激光扫描仪下观察荧光信号，来确定与特异探针杂交后被染色的细胞。;三、宏基因组的应用及研究现状; 1、海洋生物活性产物的痕量存在； 2、海洋生物活性物质难于化学合成； 3、产生活性物质的海洋微生物难于人工培养 宏基因组工程与海洋生物学进行有机的结合，促使人类了解许多为培养海洋微生物的基因组序列及其功能产物，在海洋天然药物研究、海洋极端环境微生物研究、海洋微生物多样性探索中具有十分重要的应用前景。;2.环境保护和污染修复;可以有效地从环境中分离新的基因、化合物和生物催化剂； 所构建的工程菌可用于处理各种复杂污染物，是非常有前景的降解酶系基因筛选方法； 所获取的多样性信息可以在废水处理的各种反应器系统、污染物降解过程中微生物的作用和调控、微生物对环境和气候的监测等研究中发挥作用 分析微生物种群多样性，检测评价环境健康;3.开拓天然产物新资源;3.开拓天然产物新资源;4.待解决问题;