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GROMACS教程 by@杂草一族 ——幼儿梦想追 求中。 第一步：准备拓扑 一些GROMACS基础知识 随着版本5.0的GROMACS的发布，所有的工具本质上是二进制名为“gmx”的模块。这与以前的版 本不同，其中每个工具都被调用为自己的命令。在5.0中，这仍然通过符号链接工作，但是在将来 版本中将会消失，所以最好习惯于新的做事方式。要获取有关任何GROMACS模块的帮助信息， 您可以调用以下任一命令： gmx help (module) 或者 gmx (module) -h 其中（module）被您想要发出的命令的实际名称所替代。信息将打印到终端，包括可用的算法， 选项，所需的文件格式，已知的错误和限制等。对于GROMACS的新用户，调用常用命令的帮助 信息是了解每个命令可以执行的一个很好的方法。现在，到有趣的东西！ 溶菌酶教程 我们必须下载我们将要工作的蛋白质结构文件。在本教程中，我们将使用鸡蛋白溶菌酶（PDB代 码1AKI）。转到RCSB网站并下载PDB文本的晶体结构。 下载结构后，您可以使用VMD，Chimera，PyMOL等查看程序来可视化结构。一旦看到分子，您 将要去除晶体水域。使用纯文本编辑器，如vi，emacs（Linux / Mac）或记事本（Windows）。 不要使用文字处理软件！删除与这些分子对应的行（PDB文件中的残基“HOH”）。注意，这种方 法不是普遍适用的（即，结合的活性位点水分子的情况）。对于我们这里的意图，我们不需要水 晶。 请务必检查您的.pdb文件中的评论MISSING中列出的条目，因为这些条目表示不存在于晶体结构 中的原子或全部残基。终端区域可能不存在，并且可能不存在动态问题。不完整的内部序列或任 何具有缺失原子的氨基酸残基将导致pdb2gmx失败。这些缺失的原子/残基必须使用其他软件包进 行建模。还要注意，pdb2gmx不是魔术。它不能为任意分子产生拓扑，只是由力场定义的残基 （在* .rtp文件中 - 通常是蛋白质，核酸和非常有限量的辅因子，如NAD（H）和ATP）。 现在晶体水已经消失了，我们已经证实了所有必需的原子存在，PDB文件应该只包含蛋白质原 子，并准备输入到第一个GROMACS模块pdb2gmx。pdb2gmx的目的是生成三个文件： 1. 分子的拓扑结构。 2. 一个位置限制文件。 3. 后处理结构文件。 拓扑（默认情况下为topol.top）包含在模拟中定义分子所需的所有信息。该信息包括非键合参数 （原子类型和电荷）以及键合参数（键，角度和二维）。一旦生成了拓扑结构，我们就会详细的 看一下拓扑。 通过发出以下命令执行pdb2gmx： gmx pdb2gmx -f 1AKI.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce 结构将由pdb2gmx处理，您将被提示选择强制字段： 选择力场： 从/ usr / local / gromacs / share / gromacs / top： 1：AMBER03蛋白，核酸AMBER94（Duan等人，J.Comp.Chem.24,1999-2012,2003） 2：AMBER94力场（Cornell等人，JACS 117,5179-5197,1995） 3：AMBER96蛋白，核酸AMBER94（Kollman等人，Acc.Chem.Res.29,461-469,1996） 4：AMBER99蛋白，核酸AMBER94（Wang等人，J.Comp.Chem.21,109-1074,2000） 5：AMBER99SB蛋白，核酸AMBER94（Hornak等人，Proteins 65,712-725,2006） 6：AMBER99SB-ILDN蛋白，核酸AMBER94（Lindorff-Larsen等人，Proteins 78,250-58,2010） 7：AMBERGS力场（Garcia＆Sanbonmatsu，PNAS 99,2782-2787,2002） 8：CHARMM27全原子力场（CHARM22 plus CMAP for proteins） 9：GROMOS96 43a1力场 10：GROMOS96 43a2力场（改进的烷烃二面体） 11：GROMOS96 45a3力场（Schuler JCC 2001 22 1205） 12：GROMOS96 53a5力场（JCC 2004 vol 25 pag 1656） 13：GROMOS96 53a6力场（JCC 2004 vol 25 pag 1656） 14：GROMOS96 54a7力场（Eur.Biophys.J。（2011），40 ,, 843-856，DOI：10.1007 / s00249-011-0700-9） 1