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蛋白质结构与功能预测 2007年12月 DNA sequence Protein sequence Protein structure Protein function 蛋白质序列分析主要内容 蛋白质基本理化性质分析 蛋白质亲疏水性分析 蛋白质一级序列 跨膜区结构预测 卷曲螺旋预测 翻译后修饰位点预测 蛋白质序列分析 蛋白质二级结构 蛋白质二级结构预测 蛋白质序列信号位点分析 蛋白质超二级结构 蛋白质结构域分析 蛋白质三级结构 蛋白质三维结构模拟 蛋白质分类 蛋白质家族分析 ExPASy（Expert Protein Analysis System） Tools（/tools/） 1.蛋白质基本理化性质分析 蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础 蛋白质的基本性质： 相对分子质量 氨基酸组成 等电点（PI） 消光系数 半衰期 不稳定系数 总平均亲水性 …… 实验方法： ? 相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验 ? 缺点：费时、耗资 基于实验经验值的计算机分析方法 基于一级序列的组分分析 氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考 ? Expasy 开发的针对蛋白质基本理化性质的分析： – Protparam 工具 /tools/protparam.html 相对分子质量 氨基酸组成 等电点（PI） 消光系数 半衰期 不稳定系数 总平均亲水性 …… 蛋白质理化性质分析工具 工具 网站 备注 /tools/aacomp/ 利用未知蛋白质的氨基酸组 成确认具有相同组成的已知 蛋白 Compute pI/Mw /tools/pi_tool.html 计算蛋白质序列的等电点和 分子量 /tools/protparam.html 对氨基酸序列多个物理和化 学参数（分子量、等电点、 吸光系数等）进行计算 /tools/peptide-mass.html 计算相应肽段的pI和分子量 SAPS http://www.isrec.isb- 利用蛋白质序列统计分析方 sib.ch/software/SAPS_form.html 法给出待测蛋白的物理化学 信息 AACompIdent PeptideMass 蛋白质理化性质分析 ? Protparam 工具 /tools/protparam.html 计算以下物理化学性质： ? 相对分子质量 理论 pI 值 ? 氨基酸组成 原子组成 ? 消光系数 半衰期 ? 不稳定系数 脂肪系数 ? 总平均亲水性 主要选项/参数 序列在线提交形式： ? 如果分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列 – 直接填写Swiss-Prot/TrEMBL AC号(accession number) ? 如果分析新序列： – 直接在搜索框中粘贴氨基酸序列 输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号 打开protein.txt， 将蛋白质序列 粘贴在搜索框中 输出结果 ? 输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号—分不同的功能域肽段 功能域 用户自定义区段 点击不同功能域或是以直接粘贴氨基酸序列的方式得到以下结果 氨基酸数目 相对分子质量 理论 pI 值 氨基酸组成 正/负电荷残基数 原子组成 分子式 总原子数 消光系数 半衰期 不稳定系数 40 stable 40 unstable 脂肪系数 总平均亲水性 蛋白质亲疏水性/跨膜区分析 (a)-Type I membrane protein (b)-Type II membrane protein (c)-Multipass transmembrane proteins (d)-Lipid chain-anchored membrane proteins (e)-GPI-anchored membrane proteins 蛋白质亲疏水性分析 ? 疏水作用是蛋白质折叠的主要驱动力 ? 分析蛋白质氨基酸亲疏水性是了解蛋白 质折叠的第一步 ? 氨基酸疏水分析为蛋白质二级结构预测 提供佐证 ? 可用于分析蛋白质相互作用位点-抗原位 点预测（预测准确率达56%） ? 是分析蛋白质跨膜区重要一步 蛋白质跨膜区分析 ? α螺旋跨膜区主要是由20-30个疏水性氨基酸 （Leu、Ile、Val、Met、Gly、Ala等）组成 ? 亲水残基往往出现在疏水残基之间，对功能有 重要的作用 ? 基于亲/疏水量和蛋白质膜区每个氨基酸的统计 学分布偏好性量 ? TMpred- /software/TMPRED_form.ht ml goya-u.ac.jp/sosui/ 常用蛋白质跨膜区域分析工具 工具 网站 备注 DAS http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS/ 用Dense Alignment Surface （DAS）算法来预测无同源 家族的蛋白跨膜区 H