第四期生物信息学讨论班讲义下载 DGA Version10 Prototype.ppt

2020/4/11 Genbank HTG HTG 是 GenBank 、 DDJB 及 EMBL 为使生物 学家更好地进行同源性对比搜寻高通量基 因组序列而作的特殊分类。占所有 DNA 序列 的 70% 以上。 HTG 部分包括那些通过高通 量测序中心测序产生的尚未完成的 DNA 序 列 , 有或没有注释 。 2020/4/11 项目目标（ 生物信息学处理软件平台 ） ? 开发一个可以使用 Genscan,Blast,Blocks 等分 析 GeneBank 的基因组数据并可以通过 Web 界 面进行查询的原型系统 ? 不断完善，添加算法和更新数据 , 最终可以通 过提供数据和服务来获取社会效益和经济效 益 2020/4/11 各种序列 ： DNA ， Protein 生物信息学 处理软件平台 Blast Genscan Blocks 生物学家 计算生物学模型 / 算法 软件 并行软件 ： Blast,Phrap,SW 市场化 各种算法 串行 后基因组学数据 并行 2020/4/11 项目功能描述 ( 一 ) ? 从 Genbank 中提取原始数据，经过机群系统 的处理（运行各种目前流行的算法，如 Blast 、 GenScan 、 Blast 等对提取的数据进行分析 ），生成 raw data ，最后经过文本处理程序 （ perl ）的处理，得到 xml 格式的数据。 202