聚类分析和NMDS分析的基本步骤.docVIP

聚类分析和NMDS分析的基本步骤－以z q夏季重量为例 1.打开primer，选择已经输入为“站位×种类渔获率”矩阵的excel文件（图1）。在excel file properties对话框按照默认选项。Sample data properties对话框也按照默认选项，Title可以输入标志此表的名称。 2.打开excel文件如图，注意行首名称为“samples”,列首为“variables”。Samples即聚类分析中的样本，variables即聚类分析中的指标。我们就是要把这么多种类的渔获率作为指标来分析站位间的相似性。 分析哪个序列的相似性3.生成相似性矩阵。选择datasimilarity，在similarity对话框 分析哪个序列的相似性 对数据进行转变的方法，李圣法使用四次方根，但我不知道什么原因计算多位空间距离的方法 对数据进行转变的方法，李圣法使用四次方根，但我不知道什么原因 计算多位空间 距离的方法 选中表示在分析前对数据进行标准化 选中表示在分析前对数据进行标准化，建议选中  4.相似性矩阵如下： 5.聚类分析：选择 analyse cluster, cluster对话框选择如图，聚类按照群组平均值 结果： 6.NMDS：回到相似性矩阵窗口，选择analyseMDS， 全部按照默认值，ok即可。结果如下 可以调整字体等来显示 结果的初步分析，从cluster图可以看出有四个，那么最后可以在站点图上把每一个类的站位都改成一样的，就看出在空间上的相似趋势来了。