中科大MaterialsStudio培训教程7包你学会!请将这一列全看完.ppt

目的：介绍分子吸附在表面时，用 CASTEP 计算电荷密度差。 模块： Materials Visualizer ， CASTEP 前提： CO 吸附在 Pd(110) 表面 背景 本讲义将研究相对于孤立的 CO 分子和没有被干扰的 Pd(110) 面而言， CO 分子的成键是如 何影响电子分布的。电荷密度的变化可以用两种方法计算出来。第一个选择就是计算各个分子 碎片的电荷密度。这个方法便于描述如何由较小的体系组成较大的体系。该方法描绘了在发生 化学反应的时候和一个分子吸附到一个表面的时候，电荷密度是如何发生变化的。本例中， CO 分子吸附在 Pd(110) 面上，电荷密度的变化可以表示为： Δρ = ρ CO@Pd(110) - (ρ CO + ρ Pd(110) ) 式中 ρ CO@Pd(110) 是 CO + Pd(110) 体系的总的电荷密度， ρ CO 和 ρ Pd(110) 分别是吸附物和基底的未受 干扰的电荷密度。 另一个方法就是根据原子来计算电荷密度： Δρ = ρ CO@Pd(110) - Σ (ρ i ) 这里，下标 i 遍及所有原子。这个方法显示了由于形成全部的化学键而导致的电子分布的变化。 该方法便于描述体系的化学键是如何通过原子电荷密度的离域化来形成的。电荷密度的显示有 助于理解化学吸附的过程。分子会选择在哪里吸附？分子为什么会选择在那里吸附？分子稳定 吸附在那里的成键机理是什么？ You will focus on one adsorption site: the short bridge site you studied in the tutorial Adsorption of CO onto a Pd(110) surface . Pd(110) 面上的 CO 分子电荷密度变化 内容 : 1. 建立 CO 在 Pd 表面的吸附 2. 定义碎片 3. 运算 4. 显示碎片的电荷密度差 1. 建立 CO 在 Pd 表面的吸附 本部分与前一个讲义“ CO 分子在 Pd(110) 表面的吸附” 相关联，重复 CO 表 面吸附模型的构建。 (1) 建立 Pd 晶体，结构优化； (2) 构建 Pd(110) 表面； (3) 构建并 优化 Co on Pd(110) 结构。 (1) ．准备项目 在 D 或 E 盘中建立 class 5 文件夹。运行 MS ，在 class 5 中建立名为 Pd_CO 的 Project 。 2 1 5 4 3 为便于管理项目，我们先在项目中准备三个子文件夹。在 Project Explorer 的根图标 Pd_CO 上右键单击，选择 New / Folder 。再重复此操作二次。 在 New Folder 上右键单击，选择 Rename ，键入 Pd bulk 。在其它的文件上重 复此操作过程，把它们依次更名为 Pd(110) 和 (1x1) CO on Pd(110) 。 (2) 建立 Pd 晶体，结构优化 Materials Studio 所提供的结构库中包含有 Pd 的晶体结构。在 Project Explorer 中，右键单击 Pd bulk 文件夹并且选择 Import.... ，从 Structures / metals / pure-metals 中导入 Pd.ms i 。 1 2 3 4 5 6 7 显示出 bulk Pd 的结构，我们把显示方式改为 Ball and Stick 。在 Pd 3D Model document 中右键单击，选择 Display Style ，在 Atoms 标签中选择 Ball and Stick ， 关闭对 话框 。 现在使用 CASTEP 来优化 bulk Pd 。为了减少计算量， 将晶胞转换为原胞。 从工具栏中选择 CASTEP ， 再选择 Calculation 或菜单栏中选择 Modules | CASTEP | Calculation 。 把 Task 从 Energy 改为 Geometry Optimization ，