第三章BLAST原理及方法.pptVIP

Step 4a: 选择可选的搜索参数 Select optional search parameters Entrez! Expect Word size Scoring matrix Filter BLAST: optional parameters You can... ? choose the organism to search ? turn filtering on/off ? change the substitution matrix ? change the expect (e) value ? change the word size ? change the output format Step 4b: 选择可选格式参数 optional formatting parameters BLAST 搜索有很多控制输出格式的参数： ? Alignment view ? Descriptions ? Alignments Step 4b: 选择可选格式参数 optional formatting parameters BLAST 搜索结果的顶部 ? 顶部提供关于该搜索的详细信息 :BLAST 搜索的类型、关于查询内容和所搜索的数据 库的描述以及一个分类连接可以将结果按照 物种进行分类。 query 结果网页 database program taxonomy taxonomy Step 4b: 选择可选格式参数 optional formatting parameters BLAST 搜索结果的中间部分 ? 显示的是数据库中序列与查询序列相匹配的项的列表。 ? 简明图形提供了用不同颜色表示的搜索结果的概况。图下 面的每一个条带表示数据库中的一个与查询序列相匹配的蛋 白质或核酸序列，被标以不同颜色表示亲缘关系的远近 ( 根据 比对的分 ) ，最接近匹配用红色表示。每条线的长度对应于该 序列与查询序列比对上的区域大小。 ? 所有比对用一个被称为“描述”的单行小结列表描述。按 照 E 值增加的顺序排列。显著性最强的匹配将位于顶端。 ? 结果的 图示输出 ? 数据库 序列的列 表 High scores low e values Step 4b: 选择可选格式参数 optional formatting parameters BLAST 搜索结果的靠下面部分 ? 显示的是一系列的两两序列比对 ? 可检查查询序列（输入序列）与对象序列（如和 查询序列比对的的特定的数据库匹配）之间的比对情 况。 ? 4 种衡量的分数：比特分数、期望分数、一致性百 分比、正性 ( 相似性百分比 ) Step 4b: 选择可选格式参数 optional formatting parameters 可以不用整体地进行 BLAST 搜索而仅通过改变格式 选项来提供一些不同的输出结果 ? 一些选项可以把比对序列显示成多序列比对的形式 ，这对于确定一个蛋白质或 DNA 家族中的保守的或 趋异的氨基酸残基非常有用。 ? BLAST format options BLAST format options Step 3: choose the database BLAST 搜索可使用的数据库会列在每一个 BLAST 页面上，对于蛋白质数据库搜索 (blastp 和 blastx) ， 两个主要的选择即 nr 数据库和 SwissProt 。 nr = non-redundant (most general database) dbest = database of expressed sequence tags dbsts = database of sequence tag sites gss = genomic survey sequences htgs = high throughput genomic sequence Step 3: choose the database nr 数据库是合并了若干个主要的蛋白质或 DNA 数据 库得到的。这些数据库中经常包含有相同的序列， 但 nr 数据库只收录其中的一个序列 ( 即使在 nr 数据库 中出现看上去一样的序列，实际上还是具有一些细 节上的区别 ) 。 nr 数据库是在要搜索现有的绝大多 数序列时典型和常用的数据库。 去冗余 GenBank 编码序列 PDB + SwissProt + PIR + PRF Step 4a: 选择可选的搜索参数 Select optional search parameters 当确定了要输入的序列和要搜索的数据库之后，还 有 10 个其他的可选参数要确定。 ① Limit by Entrez Query ：任何 NCBI