beast系列软件使用.pdf

。 个人初步总结 个人详细使用： BEAUti 1、File- — Import Data —打开 NEXUS(beauti 软件的 NEXUS文件与 PAUP软件的有不同 ) 文件打开后显示为 2、选择 Taxon Sets 通过建立一套定义子集分类，这个窗口允许你建立分类单元内的子集序 列数据。这也允许你去记录每个分类 tMRCA子集最近的共同祖先 , 设置分布在相应分歧时间的 分歧倍。最后 tMRCAs在日志文件中应按单位相同规定你的 DNA序列。这些分类单元可以代表 不同的物种子集分析地理上孤立的多种群或者在一个物种。值得注意的是 , 建立一个分类单 元不保证该子集集团将能够对其它属种单源推理分析。 单击“ +”在左下角，创建几个分类群，重命名他们。在另一个中你可以看到一些有用的分 类群，选择你所需要的分类群然后单击绿色的按钮，确使在 MCMC分析的时候保持单源。最 后可以得到类似： 3、选择 substitution model 这里主要是模型的选择 substitution model 中主要为三个模型 HKY GTR TN93根据模型构建来选择 。 1 。 Base frequencies 中 Estimated/Emirical/All equal 三种 估计，经验，设备 可根据不同的获得方式来选择。 Site Heterogeneity Model 中 None/Gamma/Invariant sites/Gamma+ Invariant sites,None( 假定物种的进化保持相同的速率 ) Gamma（物种的进化不是相同的速 率） Invariant sites （数据中的某些位点从未经受任何进化上的改变，其进化 速率是相同的） Partition into codon positions 中 off/2 partitions:positions(1+2),3/3 partitions:positions1,2,3 off ：分析不能转录成 RNA的 DNA 2 partitions:positions(1+2),3:1,2 段转录比较慢， 3 段转录比较快 3 partitions:positions1,2,3 ：3 段都有自己的转录翻译速度 有些（ name 下有两个以上）这时需要选择 Data Partitions 的 Unlink Subst Models” 4 、选择 clock model 选择 the relaxed molecular clock models 数据来自一个潜在的指数函数或对数正态分布。 很多数据都是用到 the relaxed molecular clock models 。 2 。 选择合适的分子钟模型来估计速率的变化。 5、tress Tree priors ：我们比较多的希望使用 Yule 模型，这是一个简单的模型通常是更适用于考虑 序列不同的种类。 6、Priors 在有数据的情况下，改变设置 trmc （）的Priors ，其他的参数设置大概估计不 出现红色即可。 7、MCMC Length of chain ：取决于数据大小和质量，系统默认为 10，000 ，000 Echo state to screen every 和 log parameters every ：多少的马尔科夫链的参数显示在 屏幕上和记