深海耐压细菌的分离鉴定及一株希瓦新种的耐压机制初探.pdf

摘 要 深海是一个黑暗、寡营养、高压及低温的极端环境，嗜（耐）压菌长期生存 在这样的极端环境中，形成了不同于常压微生物的基因组成及生理机制。对耐压 菌的研究有助于探寻生命起源和演化等科学问题，但目前人们对这些微生物耐压 机理的了解仍然非常有限。本文对深海沉积物样品进行富集培养，分离耐压微生 物菌种资源，并对一株深海来源的耐压希瓦氏菌进行了全基因组分析，从基因层 面对其耐压耐冷机理进行了初步研究。 本文首先采用低温高压的条件对雅浦海沟采集的沉积物样品进行富集培养， 其后在常压下分离纯化出 70 株耐压细菌，分属于包括假单胞菌属在内的 14 个 属。16S rRNA 基因序列的相似度分析表明，其中菌株XXST-01T 与最相似的种 Bacillus kyonggiensis NB22T 的相似度为98.40 % 。对其进行多相分类学研究发现， 这株菌呈杆状、革兰氏阳性、有内生孢子和多鞭毛，其生长范围为10-45 ℃ （最 佳37 ℃ ），0-6 % NaCl （最佳0-0.5 % ，w/v ），0.1-50 MPa （最佳0.1 MPa ）。菌株 XXST-01T 的基因大小为4.39 Mb ，G+C 值为38.2 mol%，与模式菌株的ANI 和 DDH 分析结果分别在70.91-90.15 % ，19.80-40.50 %之间。综合XXST-01T 与模 式菌株的16Sr RNA 相似度及生理生化特性差异，鉴定该菌株为芽孢杆菌属的新 种，并根据其分离位点将其命名为雅浦芽孢杆菌（Baciillus yapensis sp. nov. ）。 希瓦氏菌Shewanella sp. YLB-08T 分离自深海热液区，实验对比发现该菌比 Baciillus yapensis XXST-01T 具更强的高压适应性，同时具备了嗜冷、嗜碱的特性， 是一个典型的极端微生物，因此选择对其进行全基因组分析，探寻其耐压耐冷相 关基因。基因组完成图测序以及基因组注释显示，其基因组大小为5785459 bp， G+C 含量为43.52 mol% ，含有5256 个蛋白质编码基因，基因注释结果表明该菌 包含大量呼吸链、抗氧化/DNA 修复、冷激蛋白、转座酶相关基因，具有双鞭毛 系统，含不饱和脂肪酸合成通路，使其对高压低温的深海环境具有良好的适应性。 关键词: 深海，耐压微生物，分离鉴定，基因组分析 I Abstract The deep sea is an extreme environment which is dark, oligotrophic, high-pressure and low-temperature, in which piezotolerant bacteria live for a long time, forming different gene composition and physiological mechanism from atmospheric pressure microorganisms. The study of piezotolerant bacteria is helpful to explore the origin and evolution of life and other scientific issues, but the understanding of the pressure mechanism of these microorganisms is still very limited. In this paper, the deep-sea sediment samples were enriched and cultured, and the strain resources of piezotolerant microorganisms were isolated. T