AUTODOCK使用札记(4) 结果分析(完结).pdfVIP

AutoDock 使用札记 （4 ）——结果分析 （完结） AutoDock 产生的构象和评分值 （单位kcal/mol，AD4 提供了RMSD 值）为dlg 文件，先使 用get-docked 命令转化为PDB 格式，这种格式没有mol2 格式操作方便。 $get-docked *.dlg dlg 文件中还包含了一部分比较重要的信息，即文件末尾的cluster 部分。这部分数据对所有 构象进行了聚类分析，并保留代表构象，按照能量值从优到劣排序，单独分析这部分数据， 足以对对接产生的所有构象有完整认识。 1、编写脚本提取运算结果的评分值并对评分值进行排序 adscore3 （适用于AutoDock3）：提取PDB 文件中的评分值并对评分值进行排序 （需要用 get-docked命令生成pdb 文件） ##################### egrep Run|FinalDockedEnergy *.pdb adscore3.tmp #perl-pi -e s/\nUSER Final/ Final/;adscore.tmp #sed s/USER//gadscore.tmp |sort -r +8score.tmp adscore.log vi -e adscore3.tmp EOF :%s/USER