3大二代测序平台的优缺点.docVIP

一、ABI 的 solid liiumina 的 SOLEX 和 ROCHE/454 的 GX FLX ，三种平台在技术特点上有 什么异同？面对三种平台，该如何选择呢？ 简而言之： Roche 454 是焦磷酸测序； Illunima Solexa 是合成法测序； ABI SOLiD 是连接法测序。 就读长来看： Roche 454 Illunima Solexa ABI SOLiD 。 就 Reads 数来看： ABI SOLiD Illunima Solexa Roche 454 。 就应用来看： Roche 454 读长最长，便于拼接，因此在 de novo 测序方面有很大优势； ABI SOLiD 虽然读长 很短，但是 Reads数最多， 而且 ABI 独有的双色球编码技术， 使得每个碱基都会被读取两遍， 准确率很高， 因此 ABI SOLiD 在检测 SNP、转录组测序、 ChIP - Seq等方面很有优势； Illunima Solexa 的读长和 Reads数 均位于中间，比较适合于基因组重测序。而在实际应用中，由于 Roche 454 成本太高，因此 Illunima Solexa 也被较多的应用于 de novo 测序。 二、关于生物芯片和二代测序 1：现在二代测序很火，有一种取代芯片的趋势，我想知道，生物芯片和二代测序各自的优缺点？ 2：什么样的研究，使用芯片更好 ?什么样的测序更好？ 3：关于不同的测序平台，测的长度不同，有什么样区别？ 4：什么是数字表达谱？ microarray 和 NGS 都是高通量的基因组学研究手段，两者还是有较显著的差异。 首先，根本机制不同， Microarray 本质上是核酸杂交； NGS 本质上是 PCR。其次， microarray 是一个封闭 的系统，不可能检测到探针没有覆盖到的那部分信息；而 NGS 是一个开放的系统，来什么，测什么。 （1）microarray 不能发现新序列，而 NGS 可以发现一些以前没有检测到的基因。 （2）由于 NGS 本质上还是 PCR，在建库的过程中样本被扩增上千倍，因此样本中基因的量的线性关系会 有所偏差。因此 NGS 定量不是很好。如果想检测基因的表达量，还是用 microarray 的好。 简而言之，如果是想发现新东西，做探索性的实验，用 NGS 好些。如果研究对象是那些已知的东西，对定 量的准确度要求很高，那么还是 microarray 的好。