常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表.pdfVIP

[RNAimiRNA] miRNA 研究中常用的软件和数据库资源 作者 : g( 站内联系 TA) 发布 : 2011-12-13 以下是常用的 microRNA 靶标数据库和软件资源列表， 希望对 microRNA 的研究者有所帮助。 （1） miRbase：众所周知的 microRNA 基因注释数据库。目前 miRBase 只提供了 microRNA 的靶标的预测软件的链接（如： PicTar ）。 网址： /index.shtml （2 ） starBase：一个高通量实验数据 CLIP-Seq （或称为 HITS-CLIP ）和 mRNA 降 解组测序数据支持的 microRNA 靶标数据库， 整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和 调控关系。网址： / （3 ） Tarbase：一个收集 已被实验验证的 microRNA 靶标数 据库。网址 ： http://microrna.gr/tarbase/ （4 ） miRecords ：一个整合的 microRNA 靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调 控关系。网址： / （5） targetScan: 基于靶 mRNA 序列的进化保守等特征搜寻动物的 microRNA 靶基 因。是预测 microRNA 靶标假阳性率较低的软件。 而且是 microRNA 领域大牛 Bartel 实验室 开发的。网址 / （6） PicTar：基于 microRNA 或 microRNA 靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的 microRNA 靶基因的软件，假阳性率也较低。是 microRNA 领域大牛 Rajewsky 实验室开发 的。该文章位列 miRNA 相关文章引用 Top5 。网址： http://pictar.mdc-berlin.de/ （7） PITA ：基于靶位点的可接性 （target-site accessibility ）和自由能预测 microRNA 的 靶 标 。 是 著 名 的 生 物 信 息 学 家 Segal 实 验 室 开 发 的 。 网 址 ： http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html （8） RNA22 ：基于序列特征预测 microRNA 的结合位点。 是几个流行的 microRNA 靶 标 预 测 软 件 的 其 中 一 个 。 IBM 公 司 的 研 究 团 队 开 发 的 。 网 址 ： /rna22.html （9） miRanda 和 microRNA.org ：是著名的 Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心 的 研 究 人 员 开 发 的 软 件 和 数 据 库 。 miRanda 的 最 新 版 本 又 叫 mirSVR 。 网 址 ： /microrna/home.do （10） MicroCosm ：EMBL-EBI 的 Enright 实验室开发的 microRNA 靶标数据库。 网址： http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/ （11 ） miRTarBase ： 整 合 实 验 证 实 的 microRNA 靶 标 的 数 据 库 。 网 址 ： .tw/index.html （12） miR