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生物信息学在肿瘤研究中
的应用
肿瘤生物信息学平台功能简介
及应用实例
张新宇
中国医科院肿瘤医院/肿瘤研究所
中心实验室
生物信息学
生物信息学的概念
A.生物信息学是一门新兴的交叉学科
它将数学和计算机知识应用于生物学
以获取、加工、存储、分类、检索与分
析生物大分子的信息,从而理解这些信
息的生物学意义
B.简言之,生物信息学就是运用计算
机技术,处理、分析生物学数据,以揭
示生物学数据背后蕴藏的意义。
生物信息学研究的要素
计算机(服务器/工作站)及操作系统
2.专业人员
3.专业软件
4. Internet网络及生物学数据库
生物信息学研究分类
算法开发
生物学研究应用
blas
生物信息学和肿瘤硏究的关系
How is tumor
generated
4
晶密三▲
皇凸皇▲
1996,97国际
▲皇B
象棋人机大战
四公
222
A盘A
24
密旦
公
2被誉为“人类智力极
限”的特级大师,卡
斯帕罗夫ⅤSIBM深
及AA
丛AAAA
What Can Bioinformatics Do in
Cancer Research?
How to do?
肿瘤生物信息学平台简介
数据库平台
自主开发的综合分析体系
自主开发的其他独立功能软件
其他引进并安装调试好的软件包
平台的产生及发展
数据库平台:(基于 Linux系统的 My SQL数
据库系统)
1)Reference, Locus Link, Unigene
Mapview及相关 GenBank数据库。
2) Gene Ontology数据库,从细胞定位,
基因功能,信号通路三个角度提供对
各种基因的功能及所在信号通路的注
释
数据库平台(续)
3) UCSC Human Genome数据库
( Golden path)。
格式化的 Blast数据库(nt,nr,
human est, htg, swissprot
yeast, mouse est…)。
)实验室原始数据及分析结果数据库
(加密保护)
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