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ChIP-seq
染色体免疫共沉淀（ChIP ）是一种用于研究蛋白质与DNA 的体内相互作用
的经典实验技术。采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀，由此可以把目的蛋
白所结合的基因组DNA 片段也富集下来。通过与高通量测序技术的结合，对
ChIP 后的 DNA 产物进行测序分析，从全基因组范围内寻找目的蛋白的 DNA 结
合位点，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。
1.1ChIP 免疫沉淀实验流程
目前主要有两种不同的ChIP 实验方法，大致流程如下（均以细胞样品的处
理过程为例）：
Cross-liking Chromatin Immunoprecipitation (X-ChIP)
1. 甲醛处理细胞，使DNA-protein 的相互结合作用被交联固定。
2. 裂解细胞，得到全细胞裂解液。
3. 超声处理，将基因组 DNA 打断至 100-500 bp 。
4. 抗体免疫沉淀：在细胞裂解液中加入一抗和 beads ，并进行孵育。
5. 采用合适的实验条件进行洗脱，并解交联。
6. 通过 qPCR 对 ChIP 结果进行验证。
7. 准备好的 ChIP 后的 DNA 样品可以用于 ChIP Sequencing 建库。
Native Chromatin Immunoprecipitation (N-ChIP)
1. 通过非变性的方式得到核裂解液。
2. 微球菌核酸酶（Micrococcal nuclease ）消化染色质，得到单核小体或核小体
寡聚体。
3. 抗体免疫沉淀：在细胞裂解液中前后加入一抗和 beads ，并进行孵育。
4. DNA 分离。
5. 通过 qPCR 对 ChIP 结果进行验证。
6. 准备好的 ChIP 后的 DNA 样品可以用于 ChIP Sequencing 建库。
下面步骤由我们公司做：
1.2ChIP Sequencing 文库构建流程
1. DNA 片段末端修复,3’端加 A 碱基，连接测序接头（详细步骤请参考 Illumina
公司 Paired-End DNA Sample Prep kit ）。
2. PCR 扩增及 DNA 产物的片段大小选择（一般为 100-300 bp ，包括接头序列
在内）
合格的文库用于上机测序。
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