第四章系统树的构建.ppt

第四章、系统树的构建;第一节、系统树的基本知识;表型分枝图和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示分别根据表型性的和遗传性的关系所建立的关系树。进化分枝图可以显示事件或类群间的进化时间，而表型分枝图则不需要时间概念。 Nei(1987)指出的，如果表型相似性的尺度意味着进化上的相似性的程度，则有关表型的方法就可以提供遗传上的关系树。;Bacterium 1;2. 系统树的表示方法;节点(node)：表示一个分类单元（taxonomic unit），它可以是一个已存在的物种，也可以是一个祖先。 进化枝(clade)：由两种或两种以上生物或DNA序列以及其祖先及所有后代组成的树枝。 根(root)：所有分类的共同祖先。 操作分类学单位(operational taxonomic unit, OTU)：指所要研究样品分类水平。 进化分支长度(branch length)：用数据表示的进化枝的变化程度。;3. 系统树的类型 有根树和无根树 ;Rooted by outgroup;4.外类群的选取 要区分不同的进化路径，在进化树分析过程中必须加入一个或多个已知与分析序列关系较远的序列作为外类群(OTUgroup)。 外类群可以辅助定位树根，外类群序列与其他序列间的差异必须比其他序列之间的差异更显著，外类群的选择对进化分析的结果影响较大。;5.建树方法的选择;一种简单的距离矩阵;