土壤宏基因组研究进展.pptVIP

loading 壤宏基因组学的研究 亦珐与魏展 主要内容 1什么是宏基因组学 2宏基因组学的基本 技术 3宏基因组学的应用 和研究进展 宏基因组学 ●宏基因组 1998年, Handelsman j等在前人研究的基础上,正式提出了宏基因组的概 念,其定义为: The genomes of the total microbiota found in nature,即生境 中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未培养的微生物即 环境样品中的所有细菌和真菌的基因 宏基因组学( metagenomic 宏基因组学( Metagenomics)又叫环境基因组学( Environmental genomics )或群体基因组学( Community genomics)。利用非培养的分子生物学技 术、方法和手段对宏基因组进行系统研究 研究手段:功能基因筛选和测序 研究对象:环境样品中的微生物群体基因组 研究目的:微生物多样性、种群结构、进化关系;基因功能活性、相互 协作关系及基因表达与环境之间的关系 宏基因组学 土壤微生物宏基因组学 环境微生物数量巨大、种类繁多。据估计,每1g土壤样品含有约1000 种不同的微生物,有2000种微生物基因型,每种基因型出现的几率为 0.05%,传统培养方法从环境中只能获得1%左右的微生物 土壤宏基因组学技术是近来发展比较迅速的一种新方法,这种方法从土 壤环境样品中直接提取微生物基因组DNA即宏基因组。 〉特点:采取非培养方法,绕过微生物菌种分离培养这一技术难关,使 从研究环境中获得大量未能培养的微生物成为现实,直接在基因水平 上研究、开发和利用无法培养的微生物资源,为人类开发利用自然环 境中微生物基因资源开辟了新的途径。 宏基因组学 ●宏基因组学的发展概况 为了获得完整的环境微生物基因表达产物,早在1978年许多学者就提出了 直接从环境中提取微生物DNA的思路; 1991年,Pace等直接提取浮游生物群体的总DNA,克隆到E.coli中构建环 境DNA文库,初步证明从环境中克隆生物体基因的可行性 1995年, Healy等通过构建了微生物混合培养物的基因组文库,最终筛选 到了相关功能降解酶类 1996年, Stein等通过构建海水中原核微生物基因组文库筛选到了1个含 有以前从未培养过的古菌16 SrrNA基因的克隆 1998年, Handelsman等正式提出宏基因组的概念并创立宏基因组学 从诞生至今仅有十多年时间,但已引起了世界的广泛关注,成为各国研究 的热门领域。 主要内容 1什么是宏基因组学 2宏基因组学的基本 技术 3宏基因组学的应用 和研究进展 宏基因组学的基本技术 宏基因组文库构建流程 从土壤环境样品中直接提取微生物基因组DNA并克隆于不同载体,再将重组 载体转移到适宜的宿主以建立宏基因组文库。同时结合不同的筛选技术,从 基因文库中筛选新基因或新的生物活性物质 转化宿 筛选宏基因 组文库 连接到 主菌形 提取宏 合适的 成宏基 基因组 载体上 因组文库 DNA 宏基因组测序 及数据分析 宏基因组学的基本技术 土壤DNA的提取和纯化 2/宏基因组文库的构建及筛 选 3//宏基因组测序及数据分析 1、土壤DNA的提取和纯化 ●土壤DNA的提取 土壤样品的采集是宏基因组文库构建的关键的一步,采样需遵循操作规程, 采取具有代表性的样品,缩短运输和保存的时间,使样品能更好地代表自然 状态下土壤微生物的原貌。 土壤微生物往往会与土壤中的其他组分紧密结合,环境样品中都含有的杂质 (如腐殖酸类物质),会抑制分子克隆中多种酶的活性 文库的构建需要足够的髙质量的DNA,环境样品DNA提取提取通常需要满 足两个条件 尽可能提取样品所有微生物的基因 2保持一定的DNA片段长度、完整性和纯度