国家网格主节点建设.ppt

国家网格主节点建设 迟学斌 中科院计算机网络信息中心超级计算中心 2004年6月1-5日，台北 , chi@ 内容 背景 节点建设内容 北京主节点建设 重要应用领域 基于网格技术的用户使用环境 上海主节点建设 背景 国际超级计算的发展 MPP系统 CLUSTER系统 TOP500数据 最快的超级计算机-NEC的地球模拟器 美国拥有超级计算机的数量最多、计算能力最强 拥有超级计算机的国家和地区达到38个 总计算能力超过900TFLOPS、500TFLOPS 背景（续） 国内超级计算的发展 MPP系统 CLUSTER系统 SMP系统 TOP100数据 最快的超级计算机-联想的Deepcomp 6800 总计算能力为20TFLOPS 背景（续） 中科院信息化建设 目标 科研活动的信息化, e-science 科研活动管理的信息化, ARP 基础设施 网络建设 科学数据库建设 超级计算环境建设 背景（续） 国家高性能计算环境 曙光3000超级服务器 成立新的高性能计算中心 完善老的高性能计算中心的部分设施 推动高性能计算机应用 网格计算环境部署 高性能计算机及其核心软件专项 节点建设内容 高性能计算机 研制峰值浮点运算速度每秒4万亿次以上 Linpack实测运算速度每秒2.4万亿次以上 网络带宽300MB以上、延迟小于7us 处理机64位 操作系统Unix或Linux 内存2TB、存储容量20TB以上 节点建设内容（续） 核心软件 网格操作系统软件，基于GT3 应用网格建设 网格门户软件与集成工具 网格系统的监控软件 CNGrid, Vega, ScGrid, BioScGrid 节点建设内容（续） 节点建设内容（续） 二个主节点（万亿次） 中科院计算机网络信息中心 上海超级计算中心 六个普通节点（千亿次） 北京清华大学、北京应用物理与计算数学研究所、中国科技大学、国防科技大学、西安交通大学、香港大学 北京主节点建设 中科院计算机网络信息中心 SGI Power Challenge XL 16CPU，4GB内存，6.4GFLOPS Hitachi SR2201 32CPU， 8GB内存，9.6GFLOPS 中科院计算技术研究所 Dawning-2000 164CPU， 40GB内存，110GFLOPS 2003年以前 北京主节点建设（续） 深腾6800（Deepcomp6800） 5.3TFLOPS、60TB、2.6TB （1.2TFLOPS） 超级计算使用4万亿次（4TFLOPS） 安腾 1.3GHz (Itanium 2) 4CPU、8GB/16GB内存、73GB SCSI硬盘 197计算结点、4个I/O结点、4个登录结点、1个前端机 40TB磁盘阵列 北京主节点建设（续） 系统工具软件 Totalview，并行调试器软件，支持C/C++和Fortran、MPI和OpenMP程序进行调试 ParaWise，一个半自动的程序并行化工具，产生的代码支持分布式计算环境 VTUNE，性能优化工具，用于分析软件的性能瓶颈 ICC，IFC 北京主节点建设（续） 科学计算软件 MKL，科学和工程计算设计的数学函数库 IPP，为信号处理，图像处理，多媒体，向量处理等应用提供高性能代码 操作系统 Redhat Linux Advanced Server 2.1 互连网络 Quadrics/QsNet 北京主节点建设（续） 北京主节点建设（续） 性能测试 Linpack测试（2003年11月） 峰值浮点运算速度5.3TFLOPS 实测浮点运算速度4.2TFLOPS TOP500第14名 效率达到78.5%（居第二位） TPC-H测试 世界排名第4位 北京主节点建设（续） 北京主节点建设（续） SGI Onyx350 38GFLOPS, 32GB内存，500GB磁盘阵列 R16000，600MHz 32CPU，1个图形模块 OpenGL, MPI, OpenMP IRIX 6.5 支持主、被动立体背投 重要应用领域 生物信息学 与中国科学院生物物理研究所合作，利用序列比对（alignment）算法（如FASTA，BLAST等）和自主开发的SiClone软件，对数据库中所包含人体组织某一器官的全部EST序列进行两两比对，确定属于同一基因的所有EST序列，进而将这些序列拼接成全长cDNA序列，最终交由医学部门用实验手段验证 蛋白质折叠（protein folding），重要研究领域 重要应用领域（续） 材料科学 与中国科学院金属研究所、物理研究所等合作，开发基于第一原理的材料科学计算软件，从电子和原子核的运动出发, 研究固体的性质, 利用它的计算结果, 理论上可以解释材料中出现的各种现象；在进行实际的实验之前, 利用它理解各种材料现象的基