GWAS筛选的肝细胞癌预后相关SNP位点的功能研究.pdfVIP

GWAS 筛选的肝细胞癌预后相 SNP 位点的功能研究 背景:肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)在我国是常见且高死亡 率的恶性肿瘤,最主要发病原因是乙型肝炎病毒(hepatitisBvirus,HBV)的感染, 探讨HBV 致癌机制以及研究HBV 相 HCC 的特点对于诊断以及治疗十分必要。全 基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)通过高通量检查SNP, 发现了许多HBV 及HCC 易感性相关的SNP,有助于在遗传学上认识该疾病。而在 后GWAS 时代,数据的深度挖掘包括SNP 的功能研究成为了主要方向。 我们的前期研究发现了 6 个 SNP(rs1419881,rs7453920,rs3997872,rs7768538,rs2275959)的基因型与患者 的总生存具有相关性。本课题旨在通过结合临床病理特征及生物信息学方法筛选 功能基因,从而对这些预后相 SNP 进行功能分析。材料和方法:1.回顾性分析前 期研究纳入的330 例患者的临床病理资料。 分析位于人类白细胞抗原(humanleukocyteantigen,HLA)区域SNP 的分型与 免疫炎症相关指标(中性粒细胞淋巴细胞比值)之间关系,探讨SNP、免疫应答、 全身炎症反应、肝癌生存的关系。2.回顾性分析344 例接受根治性肝切除的HCC 患者的临床病理资料。分析其术后无瘤状态中性粒细胞淋巴细胞比值即基线水平 与生存及复发的关系,初步探讨遗传因素对免疫应答反应的影响。 3.根据生物信息学方法,检索预后相 SNP 附近基因,基于文献检索初步筛 选潜在功能基因。4.免疫组织化学方法监测筛选所得基因在肝癌组织及癌旁组织 中的表达,并分析表达水平与SNP 分型、肝癌预后的相关性。5.在肝癌细胞系中 验证SNP 潜在功能基因的相关功能。 结果:1.位于 HLA 基因区域的 rs7453920Ggt;A,rs3997872Tgt;A,rs7768538Agt;C 的基因型与中性粒细胞 淋巴细胞比值(neutrophil/lymphocyteratio,NLR)水平相关,而NLR是预测总生 存期的独立因素。rs7453920、rs3997872、rs7768538 的次要等位基因的缺失促 进了全身炎症反应,并且对HBV相关HCC患者的OS有不利影响。2.术后无瘤状态 下基线NLR水平仍与HCC患者的预后密切相关,且与肝癌的早期复发、晚期复发 均具有相关性,提示患者的免疫应答反应与全身性炎症的平衡可能受遗传因素的 影响。 3.根据生物信息学方法,11个基因(ZNF703、EGFL8、RNF5、PBX2、BRF2、BTNL2、 SLC39A7、MDC1、TUBB、VARS2、AIF1)可能在肝癌中具有潜在功能,既往研究发现 这些基因均在恶性肿瘤发生发展中起重要作用。4.免疫组织化学分析发现MDC1 的表达与HCC的预后相关,且与SNP分型密切相关,可能是rs1419881的潜在功能 基因。5.在Huh7肝癌细胞中,MDC1表达在siRNA干扰后,细胞增殖活性明显降低, 提示MDC1可促进肝癌细胞的增殖。 结论:后GWAS时代,尚无SNP功能研究的最佳方法,我们的研究发现多个HLA 基因区域的SNP的分型可能与全身炎症反应相关,这种相关性可通过NLR水平反 映。而rs1419881可能通过影响MDC1基因表达进而影响肝癌预后,具体机制不明, 更多深入的研究开展具有重要意义。