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gCLUTO 使用说明书 Matt Rasmussen, Mark Newman 明尼苏达大学. 版权 2003 最后修改：CST 2003 年 1 月20 日星期一12:33:38 /~mrasmus/gcluto 目 录 1 说明 3 1.1 gCLUTO 简介3 1.2 gCLUTO 特征3 1.3 版本说明3 2 gCLUTO 安装3 3 gCLUTO 使用4 3.1 概述4 3.2 创建新项目 5 3.3 导入数据 5 3.4 数据聚类6 3.5 可视化方案 8 3.5.1 可视化矩阵 8 3.5.1 可视化矩阵——缩放比例9 3.5.1 可视化矩阵——树状图的使用8 3.5.2 可视化山丘 10 2 1 说明 1.1 gCLUTO 简介 gCLUTO (Graphical Clustering Toolkit,图形聚类工具包)是CLUTO 数据聚 类文库的图形前端。它的目的是使CLUTO 以用户友好的图形方式进行聚类。另外， gCLUTO 还提供了交互式聚类结果可视化的几种方法。在 /~mrasmus/gcluto 可下载gCLUTO。关于gCLUTO 的更多 信息请访问/~karypis/cluto。 1.2 gCLUTO 特征 gCLUTO 具有以下特征： • 管理数据文件，聚类方案和可视化方案的项目树视图； • 选择聚类选项的详细对话框； • 浏览数据的扩展表界面； • 浏览聚类方案的HTML 界面； • 可视化矩阵——一个彩色的交互式矩阵； • 可视化山丘——多维标度法生成的三维山丘聚类图形 。 1.3 版本说明 gCLUTO 目前正处于初始期。发行的目的是开发出可以最好地应用于聚类分 析的特征和用户界面。 2 . gCLUTO 安装 目前, gCLUTO 适用于Linux 和Microsoft Windows 平台. • 在/~mrasmus/gcluto 找到gCLUTO 的最新版本。 • 下载并在你电脑的任意位置解压文档。 • 阅读README.txt 文件以将正确版本的gCLUTO 载入你的操作系统。 • Windows 用户可以通过将gcluto.exe 放入资源管理器来创建桌面快捷方 式。右击图标，将其拖至桌面，从弹出的菜单中选择“在此创建快捷方式”。 • Linux 用户可以创建一个符号链接至gcluto，并将符号链接置在最方便使 用的地方。 3 注意：实际的可执行文件（gcluto, gcluto.exe）必须在其所在的文件夹内 才可保证程序的执行。请勿将其重新定位。 3．gCLUTO 使用 3.1 概述 图3.1 gCLUTO 界面 数据聚类时，会涉及到多个信息，如数据文件，聚类方案文件和可视化方案 文件。像许多其他应用一样，gCLUTO 使用“项目”的概念来组织用户的数据和 工作流。当一个项目载入，它的内容将会在树状图中显示，见图3.1 （a）. 树状图中的图标为项目中的项。 • 项目——代表项目本身，是项目树的根。 • 数据——将数据导入项目后，数据图标就会出现在项目树上。一个项目 可包含许多不同的数据项。 • 方案——对某个数据项聚类后，方案图标就会生成并置于聚类数据项的 下方。 • 可视化矩阵——这是聚类后生成的一个可视化方案。所有的可视化方案 都出现在它们所源自的聚类方案下方。 • 可视化山丘—— 这是另一个可视化方案，它尝试从三维的角度来描述 类群之间的相互