序列相似性和序列对比.pptVIP

序列比较的生物学基础 遗传密码——三联子 mRNA上每3个核苷酸翻译成蛋白质多肽链上的一个氨基酸，这3个核苷酸就称为一个密码，也叫三联子密码。翻译时从起始密码子AUG开始，沿mRNA5’→3’的方向连续阅读直到终止密码子，生成一条具有特定序列的多肽链。 mRNA中只有4种核苷酸，而蛋白质中有20种氨基酸，若以一种核苷酸代表一种氨基酸，只能代表4种(4^1=4)。若以两种核苷酸作为一个密码（二联子），能代表4^2=16种氨基酸。而假定以3个核苷酸代表一个氨基酸，则可以有4^3=64种密码，满足了编码20种氨基酸的需要。 序列比较的生物学基础 4种核苷酸组成64个三联密码子。 4种核苷酸可以组成64个不同的三联密码子(triplet codes)，用于编码20种氨基酸绰绰有余。其中三个为终止密码子，代表多肽序列的末端，一种氨基酸可以由1~6个三联密码子编码。由多个密码子编码的氨基酸，不同密码子的使用频率并不相等，这种使用频率的不同分布称为“密码子偏好”(coden usage)。不同种的生物密码子偏好不同。 序列比较的生物学基础 形成6个开放读码框 由于氨基酸是由三联密码子编码的，因此DNA序列就包含三个不同的开放读码框，取决于从第一、第二或第三位核苷酸开始(第四位和第一位同框)。而双链DNA的两条链都可以转录RNA，后者翻译蛋白质。因此，一个DNA序列及其互补链可以有6个不