蛋白质结构预测 孙啸.pptVIP

第七章蛋白质结构预测 主讲人:孙啸 制作人:刘志华 东南大学吴健雄实验室  第一节引言 二级结构 空间结构 囡71肽链形的的二级结构最终的折叠结果  蛋白质结构预测问题 序列—结构——功能 Gly-Ala-Glu-Phe FUNCTION  结构预测问题 Gly-Ala-Glu-Phe FUNCTION  解决方法 Gly-Ala-Glu-Phe FUNCTION  寻找一种从蛋白质的氨基酸线性 序列到蛋白质所有原子三维坐 标的一种映射  蛋白质结构预测主要有两大类方法 (1)理论分析方法 通过理论计算(如分子力学、分子动力学计算) 进行结构预测。 2)统计的方法 对已知结构的蛋白质进行统计分析,建立序列到 结构的映射模型,进而对未知结构的蛋白质根据 映射模型直接从氨基酸序列预测结构。 包括: 经验性方法 结构规律提取方法 同源模型化方法  第二节蛋白质二级结构预测 蛋白质序列 二级结构  二级结构预测 蛋白质序列 二级结构: OLMGER工 RARRKKLK→S工 HHHHHHHHHHHHT  1、二级结构预测概述 蛋白质的二级结构预测的基本依据是 每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二 级结构的倾向 二级结构预测问题是模式分类问题 级结构预测的目标 判断每一段中心的残基是否处于α螺旋、β